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求助：如何使用RDG分析分子内的弱相互作用

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oooooooooooooo

发布时间: 2022-1-11 11:42

正文摘要:

本帖最后由 oooooooooooooo 于 2022-1-11 11:47 编辑本人对图1的非平面卟啉类似物分子进行RDG分析,分析方法参考的是sobereva老师的帖子《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》（http://sobereva.com/68），得到如 ...

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Yun1 发表于 Post on 2024-1-25 17:00:29

想问一下大家，怎么具体量化这个作用力的大小呀？

202401251700199576..png (171.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

sobereva 发表于 Post on 2022-1-13 08:13:08

牧生发表于 2022-1-12 14:03
到底是C-S还是C-O啊？我使用C-S的结构，使用orca优化了分子结构，再试了下IGMH分析，图像如下，我觉得只有 ...

1L应该画的是硫的情况
IGMH绘制脚本的色彩刻度默认是-0.05~0.05，上限比RDG的更大，所以看起来相邻S-S内侧区域的红色没那么明显，亦有可能用的构型和1L的有差异所致。

牧生 发表于 Post on 2022-1-12 14:03:01

本帖最后由牧生于 2022-1-12 14:59 编辑

到底是C-S还是C-O啊？我使用C-S的结构，使用orca优化了分子结构，再试了下IGMH分析，图像如下，我觉得只有两种相互作用。中间的几个硫原子是交错的，而且邻近硫原子之间是有一点点吸引力的，但是很弱；间隔的硫原子之间只有范德华作用，四个硫原子之间没有明显斥力作用（班门弄斧了）

yjcmwgk 发表于 Post on 2022-1-12 12:51:33

sobereva 发表于 2022-1-12 11:22
区域3，S和S距离已经很远了，而且颜色也没有橘黄，所以互斥作用我认为不怎么明显，相对来说色散吸引作用 ...

感谢

sobereva 发表于 Post on 2022-1-12 11:22:05

yjcmwgk 发表于 2022-1-12 10:29
我有点不同的感觉。
区域3，体现了四个硫原子之间的“孤单电子对儿”之间的斥力，但这个斥力并不严重， ...

区域3，S和S距离已经很远了，而且颜色也没有橘黄，所以互斥作用我认为不怎么明显，相对来说色散吸引作用更突出一些。可以用Multiwfn做个基于力场的能量分解（http://sobereva.com/442），看看对面两个S之间互斥和色散部分相对大小如何

区域2，S-S之间肯定不会有什么共价作用，算出来Mayer键级肯定也非常小，这部分也就只能说是色散作用为主

这个体系可以再作个变形密度图，对交换互斥作用可以有更进一步的展现。

yjcmwgk 发表于 Post on 2022-1-12 10:29:48

sobereva 发表于 2022-1-11 11:56
2体现挨着的S...S之间的范德华作用
3体现彼此相对的S之间的相互作用

我有点不同的感觉。
区域3，体现了四个硫原子之间的“孤单电子对儿”之间的斥力，但这个斥力并不严重，其实很轻微。
区域1，体现了S-C-C-C-S这个“非封闭环”内的张力。
区域2，怎么会成为一个引力呢？难道S....S之间还能有弱的成键趋势不成？或者干脆就是范德华力（瞬时偶极色散力？永久偶级色散力？）
说实话我对区域2不理解……
敬请批评指正

oooooooooooooo 发表于 Post on 2022-1-11 13:01:17

明白了，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-1-11 11:56:10

2体现挨着的S...S之间的范德华作用
3体现彼此相对的S之间的相互作用

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