蛋白质进行能量最小化后结构发生破碎

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发布时间: 2022-1-11 18:46

求助，创建盒子后，进行能量最小化，发现蛋白结构中的一段序列从结构中碎裂，如图。使用以下VMD的pbc命令，仍旧为原样。请问是哪里出了问题，是否可以继续进行模拟。谢谢大家！pbc wrap -compound res-all pbc box ...

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Tyzhang 发表于 Post on 2022-1-12 10:57:52

感谢sob老师的回复，谢谢！

sobereva 发表于 Post on 2022-1-12 03:29:27

老生常谈的盒子边缘截断体系的问题
此文里搜-pbc看相关文字
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

wzkchem5 发表于 Post on 2022-1-11 20:37:21

碎裂下来的片段原来在蛋白的某一端还是中间？这个片段具体包括哪些残基？这个片段在初始结构里是和蛋白骨架里的其他原子成键的吗？

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