Amber格式力场转换成Gromacs格式的方法请教

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发布时间: 2022-1-11 21:05

各位老师好，最近在利用Gromacs做RNA相关的模拟，选择的是AMBER99以及针对考虑到非规范碱基配对情况的补丁（圈起来的那篇文章）。参数已下载，但是是AMBER格式的，想转化成Gromacs格式的从 ...

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大头攒毛 发表于 Post on 2022-8-26 14:43:01

sobereva 发表于 2022-8-26 13:44
ambertools里的leap实现

老师，我按照您教的方法安装了ambertools18，为什么pdb4amber命令不起作用？

sobereva 发表于 Post on 2022-8-26 13:44:55

大头攒毛发表于 2022-8-26 11:26
sober老师，要生成amber的拓扑文件，ambertools能实现吗？

ambertools里的leap实现

大头攒毛 发表于 Post on 2022-8-26 11:26:38

sobereva 发表于 2022-1-12 03:17
你可以先用amber的leap产生RNA的拓扑文件，再用parmED或acpype转成GROMACS的拓扑文件格式
要么你就自己编 ...

sober老师，要生成amber的拓扑文件，ambertools能实现吗？

uenh1998 发表于 Post on 2022-1-12 09:47:27

sobereva 发表于 2022-1-12 03:17
你可以先用amber的leap产生RNA的拓扑文件，再用parmED或acpype转成GROMACS的拓扑文件格式
要么你就自己编 ...

谢谢老师，我试下

sobereva 发表于 Post on 2022-1-12 03:17:57

你可以先用amber的leap产生RNA的拓扑文件，再用parmED或acpype转成GROMACS的拓扑文件格式
要么你就自己编辑GROMACS力场目录下的ffbonded.itp，在理解GROMACS和AMBER文件格式的前提下添加进去，注意函数形式、单位转换这些问题

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