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求助，批量转换pdbqt格式问题

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5撇到3撇

发布时间: 2022-1-11 23:58

正文摘要:

请教各位老师，我在用openBabel gui这个程序来批量转换小分子格式的时候（.pdb-->.pdbqt）,发现转换后的文件都不能用，pymol打开看结构是这样的：不知道什么原因T_T

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SiqiLee 发表于 Post on 2024-1-22 20:05:11

rina_gamesh 发表于 2023-12-14 18:28
我是用的MGLTools 的 prepare_ligand4.py,转出来也是这样的一块儿异形。所以原始文件是.sdf格式会有 ...

你应该把输入的sdf文件变换成三维（确保原子数目与位置正确，包括H）的再去用prepare_ligand4.py去转换成pdbqt的格式

rina_gamesh 发表于 Post on 2023-12-14 18:28:36

ChaosChiao 发表于 2022-4-13 15:18
open不可用于转换pdbqt，要adt自己的工具

我是用的MGLTools 的 prepare_ligand4.py,转出来也是这样的一块儿异形。所以原始文件是.sdf格式会有影响吗？那是二维的。

ChaosChiao 发表于 Post on 2022-4-13 15:18:58

open不可用于转换pdbqt，要adt自己的工具

gkxiao 发表于 Post on 2022-1-13 22:54:13

本帖最后由 gkxiao 于 2022-1-13 22:55 编辑

如果仅用openbabel的话，建议至少要用选项--gen3D --best同时生成结构的3D构象并进行初步的优化。但这并不是靠谱的方法；1）结构还需要其它其它的前置处理；2）opebabel在格式转化时有很多潜在的问题，比如柔性键判断错误导致PDBQT树结构错误而对接计算失败等。建议用些靠谱的方法，再用ADT等工具进行结构转化。

MolAICal 发表于 Post on 2022-1-12 13:30:35

你可以试试MolAICal的第4个教程，批量转化做对接 https://molaical.gitee.io/cntutorial.html

sobereva 发表于 Post on 2022-1-12 11:24:49

5撇到3撇发表于 2022-1-12 09:49
老师这个是我直接从网上下载下来的，不太懂哈T_T

这结构明显违背基本常识，把立体结构完全当成了二维描述

5撇到3撇 发表于 Post on 2022-1-12 09:49:09

sobereva 发表于 2022-1-12 03:21
且不说openbabel的事，你的原始结构就完全离谱

老师这个是我直接从网上下载下来的，不太懂哈T_T

sobereva 发表于 Post on 2022-1-12 03:21:14

且不说openbabel的事，你的原始结构就完全离谱

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