zblxyrz 发表于 2022-1-17 09:49
请问sob老师，像这种液相的反应，通过提高到很高的温度来加速反应，审稿人会不会提意见说与实际实验环境 ...

没错，所以如果计算温度明显高于实验，那么你只能说你找到的反应是存在的，但不能说它们是主要的。如果要找到主要的反应途径，而不是随便找一个不一定有代表性的反应途径，要么得在实验温度下跑AIMD（可以用metadynamics之类的方法加速），要么就找过渡态

sobereva 发表于 2022-1-13 14:03
CucC2+H2O →CuCl+O2+HCl式子明显是错的
想通过AIMD在较短时间跑出来现实中时间尺度明显更长才会出现的现 ...

请问sob老师，像这种液相的反应，通过提高到很高的温度来加速反应，审稿人会不会提意见说与实际实验环境不符，这种温度下液相不就蒸发了么

wzkchem5 发表于 2022-1-13 18:10
所以这就说明这个问题没办法靠AIMD解决。如果模拟只跑2ps，那么必须把温度升高到实验上2ps就能看到反应的 ...

我懂您的意思了，那我再从另一个角度分析一下这个问题，谢谢

xfly 发表于 2022-1-13 09:59
我实验差不多三四十分钟就有反应了，模拟当时设置了2ps，现在不知道怎么解决了··

所以这就说明这个问题没办法靠AIMD解决。如果模拟只跑2ps，那么必须把温度升高到实验上2ps就能看到反应的程度才能在动力学轨迹里观测到反应，你可以用Eyring方程估算一下这个需要多高的温度，我觉得CuCl2恐怕都得变成蒸汽了。
这种ps乃至ns时间尺度下都完全发生不了的反应，不适合用AIMD研究，应该用过渡态理论研究。

wzkchem5 发表于 2022-1-13 16:13
建议留意一下实验是用了多长时间观测到反应的，而计算是模拟了多长时间的动力学。只有这两者相符，计算结 ...

我实验差不多三四十分钟就有反应了，模拟当时设置了2ps，现在不知道怎么解决了··

xfly 发表于 2022-1-13 07:44
好的谢谢，我把温度提高了200度，重新跑了一下，我之前做过实验在550度条件下可以反应，但是vasp跑了两次 ...

建议留意一下实验是用了多长时间观测到反应的，而计算是模拟了多长时间的动力学。只有这两者相符，计算结果才可能和实验相符。光温度相符是不够的。

sobereva 发表于 2022-1-13 14:32
反正得比原先的更高。而且就某个温度下容易进行，除非初始位置、初速度恰好很精妙，否则也得跑一阵子才可 ...

好的谢谢，我把温度提高了200度，重新跑了一下，我之前做过实验在550度条件下可以反应，但是vasp跑了两次了都是没有把水分子跑散，现在重新提交作业再跑一下

xfly 发表于 2022-1-13 14:15
不好意思，我之前打错了，现在重新编辑了：2CuCl2+H2O （g）→2CuCl+0.5O2(g)+2HCl(g)，是这个式子，那我 ...

反正得比原先的更高。而且就某个温度下容易进行，除非初始位置、初速度恰好很精妙，否则也得跑一阵子才可能发生。不要太着急

sobereva 发表于 2022-1-13 14:03
CucC2+H2O →CuCl+O2+HCl式子明显是错的
想通过AIMD在较短时间跑出来现实中时间尺度明显更长才会出现的现 ...

不好意思，我之前打错了，现在重新编辑了：2CuCl2+H2O （g）→2CuCl+0.5O2(g)+2HCl(g)，是这个式子，那我现在就是把温度再提升到800度试一下可以吗

CucC2+H2O →CuCl+O2+HCl式子明显是错的
想通过AIMD在较短时间跑出来现实中时间尺度明显更长才会出现的现象，可尝试提高温度

wzkchem5 发表于 2022-1-12 16:31
可能说明这个反应不是很快，因为你跑动力学一般只能跑ps级的时间，而只要在秒级的时间能反应，实验上就能观 ...

明白您的意思了 非常感谢，那请问应该怎么设置才能在动力学上看到反应呢？

可能说明这个反应不是很快，因为你跑动力学一般只能跑ps级的时间，而只要在秒级的时间能反应，实验上就能观测到反应。所以有可能这个温度下这个反应需要秒级的时间才能进行，导致实验上能看到反应但计算的分子动力学看不到反应。