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含结合水蛋白-底物复合物，em之后如何用#ifdef POSRES限制结合水

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zhencheng874125

发布时间: 2022-1-13 01:54

正文摘要:

大家好，我做含2分子结合水的酶蛋白和底物的gromacs，但在gmx mdrun -v -deffnm em时候，终出现如下问题：Fatal error: The [molecules] section of your topology specifies more than one block of a [moleculet ...

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xiaoche 发表于 Post on 2024-12-28 09:34:27

同问，请问楼主最后是如何解决的呢，期望您可以分享一下经验，谢谢！

Newbee_Ccc 发表于 Post on 2024-1-23 10:54:58

zhencheng874125 发表于 2022-2-21 00:39
按照，刚刚打错字了

不好意思请问下楼主是如何实现的？能否分享想相关设置，我也遇到了同样的问题，将settle删除后，发现水分子就跑出去了

zhencheng874125 发表于 Post on 2022-2-21 00:39:57

按照，刚刚打错字了

zhencheng874125 发表于 Post on 2022-2-21 00:39:30

非常感谢Sob老师！终于弄明白这个问题了，确实settle这块重新设置一下就解决了！安装多配体的方法处理，限制和itp参数和溶剂水一样用力场里面的。

sobereva 发表于 Post on 2022-1-13 14:28:57

结合水用柔性水模型就完了，去掉里面的[settles]设置，当成普通配体看待。为了用2fs步长，可以靠constraints = hbonds实现O-H的约束

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