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gmx energy分析求助：模拟得到的多糖与小分子的相互作用为0，不知道哪个环节错了

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huang77

发布时间: 2022-1-13 10:38

正文摘要:

各位老师好，我是打算利用gromacs，对多糖和几种小分子的相互作用（LJ/coulomb）进行分析，通过比较数值来判断小分子与多糖的相互作用大小。多糖是通过GLYCAM网站构建的，由25个半乳糖醛酸组成的聚合物，小分子拓 ...

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Alpaca 发表于 Post on 2023-3-30 10:24:55

请问解决了吗？

fortunate 发表于 Post on 2022-12-9 08:49:43

您好，请问在GLYCAM生成分子后，怎么下载pdb文件。网站上点pdb按钮和download all 都没有反应。

Kelly00 发表于 Post on 2022-10-14 09:11:58

本帖最后由 Kelly00 于 2022-10-14 09:14 编辑

我也出现了这个问题，请问解决了吗

huang77 发表于 Post on 2022-1-13 17:29:36

sobereva 发表于 2022-1-13 17:01
先看看轨迹，确认是否淀粉和其它分子有过近距离接触
并确认索引文件里序号无误

谢谢sober老师回复，
以上我都检查过了，同一个体系，在轨迹中，5个小分子，分别都有一两个往淀粉身上靠，这点从gmx mindist中也能体现，索引也确认过没有出错。
也试过加入两种小分子，比如加5个小分子X，5个小分子Y，也是只有X1和Y1有能量，X2345和Y2345就全是0，而淀粉与X12345和Y12345，十个分子之间的相互作用也是X1+Y1之和
所以真的很奇怪，感觉不知道是哪个环节出的问题

sobereva 发表于 Post on 2022-1-13 17:01:36

先看看轨迹，确认是否淀粉和其它分子有过近距离接触
并确认索引文件里序号无误

huang77 发表于 Post on 2022-1-13 16:22:24

sobereva 发表于 2022-1-13 14:39
截图里的starch是哪部分？
-rerun后面应当接上结构文件或轨迹，为什么接的是tpr？

sober老师好，我截图里面的starch是我做的另一个体系starch（淀粉）和我的小分子之间的相互作用，而我在1楼说的是我的聚合糖醛酸果胶（pectin）,他们都是从GLYCAM网站中生成的，我截图一下子放错了，请各位老师把截图中的starch当成我1楼中说的pectin就好，它们的意义都差不多
但我的每一个体系都是只有第一个小分子（即r_27）有能量，第二个之后就没有能量了（r_28及之后）
-rerun后面确实是接上轨迹文件xtc，这个是我敲的时候一下子糊涂了，很抱歉对大家造成了误导..
正确的命令应当是
gmx grompp -f ie.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o ieA.tpr -n index.ndx
gmx mdrun -rerun md.xtc -deffnm ieA -v
gmx energy -f ieA.edr -o ieA.xvg

sobereva 发表于 Post on 2022-1-13 14:39:57

截图里的starch是哪部分？
-rerun后面应当接上结构文件或轨迹，为什么接的是tpr？

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