分子动力学跑完em后，没有放开位置限制，但是有三条链的结构发生变化

查看数: 3281 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2022-1-13 13:17

模型为24条完全相同的肽链，每条链的氨基酸残疾都是YFTEF，初始为反平行的β结构，跑完能量最小化后，有三条链的结构发生变化，并没有放开位置限制。24链的原子排序和拓扑结构一样，实在找不出出错的原因，还请各位 ...

回复 Reply

CMMCMM 发表于 Post on 2022-1-13 16:14:10

sobereva 发表于 2022-1-13 14:25
很长的拓扑文件应当作为文件上传，而不是直接贴出来
应当用licorice等能具体看出原子的显示方式，将这三条 ...

好的，非常感谢

sobereva 发表于 Post on 2022-1-13 14:25:15

很长的拓扑文件应当作为文件上传，而不是直接贴出来
应当用licorice等能具体看出原子的显示方式，将这三条和周围的对比，看看是VMD显示问题还是说确实结构异常。如果结构确实异常，仔细看能量极小化过程的轨迹看看结构怎么变的，试图弄清楚原因。另外可以考虑用AMBER等别的力场。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register