求助，编写tcl脚本统计氢键存在时间

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发布时间: 2022-1-13 20:08

请教各位老师，想要绘制出氢键存在随时间变化的图，利用sob老师给的tcl脚本，改了要统计的残基(以resid语法选中）选择了两个选区，并不区分受体供体。但是，获得的数据并不含有y轴信息（即具体形成氢键的残基号）。 ...

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snljty2 发表于 Post on 2022-9-2 21:03:09

yusang 发表于 2022-9-2 20:44
请问，是加载psf文件和dcd文件后，再source这个脚本嘛，我这样source 之后VMD没有反应，什么文件都没有生成

这是定义了一个叫hb的命令。

yusang 发表于 Post on 2022-9-2 20:44:45

请问，是加载psf文件和dcd文件后，再source这个脚本嘛，我这样source 之后VMD没有反应，什么文件都没有生成

sobereva 发表于 Post on 2022-1-14 06:42:36

dd和aa定义的区域没有交叠时，dd是氢键给体的范围，aa是氢键受体的范围。你想统计什么残基形成的氢键就用选择语句选择相应的残基就完了

每个要考虑的残基分别依次计算，自然就得到我的讲义上那张图里的数据了

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