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求助在top文件中添加其他小分子力场时报错Invalid order for directive atomtypes

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sj12138

发布时间: 2022-1-16 17:59

正文摘要:

本帖最后由 sj12138 于 2022-1-17 13:29 编辑前辈们好，我是做的水合物分子动力学的。我在ATB网站上下载的氢气的itp文件以及其自带的力场，将H的itp文件include到top文件中后报错。我的命令是： gmx_mpi_d gro ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-2-23 18:46:35

494085639 发表于 2022-2-23 15:29
老师可以请问下include到主top文件时的格式是什么样的吗

语义不明
搞清楚gromacs的各个字段都该有什么内容，该以什么顺序出现，自然就明白了
PS：我在GROMACS培训里讲得特别透彻 http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html，搞不明白这些基本知识的话最好系统性学学

494085639 发表于 Post on 2022-2-23 15:29:14

sobereva 发表于 2022-1-17 17:12
这种体系完全不需要用pdb2gmx
直接把小分子itp文件include到主top文件就完了，折腾rtp纯粹是自找麻烦

老师可以请问下include到主top文件时的格式是什么样的吗

sobereva 发表于 Post on 2022-1-17 17:12:23

sj12138 发表于 2022-1-17 14:07
老师，我在54A7的rtp文件中加上了19P的残基和原子之后采用gmx_mpi_d pdb2gmx -f II-zj-222.pdb -o II-zj- ...

这种体系完全不需要用pdb2gmx
直接把小分子itp文件include到主top文件就完了，折腾rtp纯粹是自找麻烦

sj12138 发表于 Post on 2022-1-17 14:12:42

牧生发表于 2022-1-16 18:55
看我以前犯的相同错误
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html
其次，力场不建议混用，opls和grom ...

帖子我看了，我尝试之后还是没有跑通才发帖请教的。由于我的H.itp并没有atomtype的字段，所以我在ffnonbonded.itp中的内容贴到了top中但是依然报最开始的错误

sj12138 发表于 Post on 2022-1-17 14:07:53

sobereva 发表于 2022-1-17 07:16
怎么能两个力场的forcefield.itp都include，没有基本常识

ATB提供的修改版54A7力场包里又不是没有spce.i ...

老师，我在54A7的rtp文件中加上了19P的残基和原子之后采用gmx_mpi_d pdb2gmx -f II-zj-222.pdb -o II-zj-222.gro -ff gromos54a7_atb生成top文件并grompp之后跑通了，谢谢sob老师，是我之前没想到不需要oplsaa。

但是老师我想问一下，因为我的小分子是氢气很简单所以在rtp文件中可以很容易补充，但是如果是一个比较复杂的分子应该如何在rtp中确定需要补充的内容那？

谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2022-1-17 07:16:07

怎么能两个力场的forcefield.itp都include，没有基本常识

ATB提供的修改版54A7力场包里又不是没有spce.itp，include OPLS-AA力场下的spc.itp作甚

牧生 发表于 Post on 2022-1-16 18:55:54

看我以前犯的相同错误
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html
其次，力场不建议混用，opls和gromos不能混用

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