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使用solvate向空心金管内填充水后，无论nvt或npt以后都出现真空区（已解决）

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牧生

发布时间: 2022-1-21 16:52

正文摘要:

本帖最后由牧生于 2022-1-23 10:15 编辑看了教程里面水中的碳纳米管，自己想进一步发挥。想尝试模拟水在金属管道中的分布，且为了使用gpu加速，所以使用周期性的立方体系，让金管和水都具有周期性，初步思想 ...

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牧生 发表于 Post on 2022-1-22 11:00:02

本帖最后由牧生于 2022-1-23 10:02 编辑

感谢帮助。经过几次反复填充水，现在看起来可以了。
填充了8次，还能大约填充260个水。此时总水分子为19238个。。误差大约还需要1.35%水分子，觉得差不多了。这样也可以了

2022.1.23补充，发现将空心金块完全浸入水中，NPT以后，再使用x>* and x<* and y>* and y<* and z>* and z<* ，直接取出想要的立方体，还可以让金属部分薄一些，减少金属原子的数量，从而减少计算量，这个命令更好用

sobereva 发表于 Post on 2022-1-21 19:32:52

有真空区就继续加水
只要水不断加进去，早晚能把窟窿填满
要么加水的时候在金属的孔洞里和四周都加水，用NPT模拟，之后肯定孔洞里能致密地充满水。之后再用VMD把金属连同窟窿里的水的部分取出来

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