求助 GMX的MD阶段报错

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发布时间: 2022-1-25 12:00

各位老师好，我用GMX跑有机溶剂体系，用acpype生成的相关文件，em的grompp阶段没有报错，但是md就出此报错信息，把盒子调大后依旧显示超过盒子一半，查阅资料好像是itp文件和gro文件顺序不匹配，但是没找到应该怎么 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-1-26 02:15:49

gro也不上传，别人都没法检查
说是跑md，但只传了em.mdp
如果怀疑是对应关系问题，根据[molecules]里的分子出现顺序和各个分子的[moleculetype]里的[atoms]的顺序对照gro文件进行检查

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