a9471163 发表于 2022-2-5 15:01
非常感谢sob老师，按您说的做模拟可以正常完成

LZ可以私聊我一下吗？因为新号没有权限发私信，希望可以向你学习一下

sobereva 发表于 2022-6-30 00:50
这种体系应当在assign_AT.dat里定义原子类型判断规则，并且各种原子类型用的原子电荷直接写文献里的值， ...

谢谢老师

bxc 发表于 2022-6-29 10:40
那是不是用sobtop定义好每种原子类型，同时定义好原子电荷，然后直接生成itp就可以啦，想问下老师这是最 ...

这种体系应当在assign_AT.dat里定义原子类型判断规则，并且各种原子类型用的原子电荷直接写文献里的值，到时候sobtop就能根据你的体系结构通过assign_AT.dat里的规则自动指认原子类型和赋予原子电荷了。

sobereva 发表于 2022-6-29 01:23
整个体系本来就算不动
氧化石墨烯上不同位点适合的原子电荷在文献里绝对能搜到

那是不是用sobtop定义好每种原子类型，同时定义好原子电荷，然后直接生成itp就可以啦，想问下老师这是最快捷的方法了吗@sobereva

bxc 发表于 2022-6-28 22:47
各位老师好，请教一下，您这个石墨烯就总共就316原子吗，如果我是拿氧化石墨作为基板，需要20*3nm，2000多 ...

整个体系本来就算不动
氧化石墨烯上不同位点适合的原子电荷在文献里绝对能搜到

各位老师好，请教一下，您这个石墨烯就总共就316原子吗，如果我是拿氧化石墨作为基板，需要20*3nm，2000多原子，请问我该如何计算resp2（0.5）电荷，orca算不动呀@sobereva

喵星大佬 发表于 2022-2-3 06:15
我觉得一般来说不会出现那么大的原子电荷

您说的对，按sob老师的办法重算RESP2之后，原子电荷的绝对值变小了

sobereva 发表于 2022-2-2 01:18
如我群里说的，这俩原子电荷一个很正一个很负，再加上氢的质量小因此移动快，如果考虑它俩的静电相互作用， ...

非常感谢sob老师，按您说的做模拟可以正常完成

我觉得一般来说不会出现那么大的原子电荷

sobereva 发表于 2022-2-2 01:18
如我群里说的，这俩原子电荷一个很正一个很负，再加上氢的质量小因此移动快，如果考虑它俩的静电相互作用， ...

谢谢sob老师，您说的方法在尝试了，后面看一下效果

如我群里说的，这俩原子电荷一个很正一个很负，再加上氢的质量小因此移动快，如果考虑它俩的静电相互作用，可能导致有严重吸到一起的倾向导致出现问题。去掉[pairs]里相应项不计算1-4作用就可以避免。另外，羧基部分没有绝对必要非得总电荷约束为-1。去掉这个约束的话说不定氧上的电荷会更负一些，而那个悬着的碳的电荷没那么负了。
另外，GFN-xTB优化这样的体系所得结构精度还是比较牵强。用B97-3c在CPCM下做个优化也不至于花太多时间（几何优化收敛限可以设得比较宽松）。