基于amber的MCPB.py构建含金属离子蛋白的力场参数，当体系中存在结晶水时报错

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发布时间: 2022-2-2 15:34

各位老师好，我最近正在使用Amber的MCPB.py处理蛋白质配体中的镁离子，该镁离子与三个氨基酸残基、底物分子及一个水分子配位，因此比之前论坛中已经有的方法http://bbs.keinsci.com/thread-26531-1-1.html，在处理上 ...

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zxczxc 发表于 Post on 2025-1-6 10:44:11

打扰一下，请问你的问题解决了吗
我的问题感觉和你差不多，我的是Mg离子附近需要保留三个结晶水，想在amber里给它单独设置一个结晶水的力场，不让它在溶剂里
请问您有什么方法吗
感谢感谢

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