Lyueyang2020 发表于 2024-3-23 14:24
非常感谢您的提问以及卢老师的解答，我也遇到了相似的问题，不知道您是怎么解决这个问题的呢“WARNING: ato ...

AuToFF的聚合物建模功能已经基本上傻瓜式解决了线性聚合物的拓扑生成问题，可以自己搜索该工具。

非常感谢您的提问以及卢老师的解答，我也遇到了相似的问题，不知道您是怎么解决这个问题的呢“WARNING: atom H** is missing in residue **** in the pdb file You might need to add atom H72 to the hydrogen database of building block ***”，我是补充了非标准残基的“rtp/hdp"文件，但是无法识别该残基的H原子，请问我需要将他们全部重新命名么，类似 CBL/ HBL1/HBL2这种，每个原子上的H从1开始编号。非常感激您的解答！

sobereva 发表于 2022-2-17 08:40
合理

感谢卢老师的指导！

光荣道彭于晏 发表于 2022-2-16 22:18
卢老师，我在楼上重新提交了几个问题，希望您不吝赐教！谢谢！

另外，我还想再咨询一下一楼的问题，就 ...

合理

sobereva 发表于 2022-2-6 02:52
聚合物本来就适合靠pdb2gmx产生拓扑文件，拿整个聚合物愣算原子电荷不仅耗时很高，原理上也往往不十分理想 ...

卢老师，我在楼上重新提交了几个问题，希望您不吝赐教！谢谢！

另外，我还想再咨询一下一楼的问题，就是acpype处理这种400多个原子的聚合物产生拓扑文件，但不让其生成电荷信息，然后将MMA三聚体计算出来的RESP电荷补充进去，从而补全拓扑文件，这种做法是否存在不合理性？
目前来看，这种方式非常简便易行。而使用pdb2gmx产生拓扑文件，工作量明显更大，且似乎更易出错。

聚合物本来就适合靠pdb2gmx产生拓扑文件，拿整个聚合物愣算原子电荷不仅耗时很高，原理上也往往不十分理想（有构象依赖性问题）。你只需要把重复单元（位于中间和位于两端）的信息在rtp里定义了，里面给各个原子设置上原子电荷，产生的拓扑文件直接就有所有原子的原子电荷了。但前提是你的结构文件里各个原子的原子名都正确命名了，这样pdb2gmx才能正确匹配。

如果你要求非常低，凑合用MMFF94原子电荷（OpenBabel可给出）或Multiwfn能算的EEM原子电荷（基于拟合静电势电荷对应的参数，看Multiwfn手册4.7.5节）也未尝不可，一秒钟就能得到结果。