ljh123 发表于 2024-11-13 15:39 1 如果你不关心整个反应过程（从第一次发生反应就开始计入）可以先做预平衡，只统计基本平衡后的情况。否则只能从头开始统计 2 通常波函数自动会收敛相应情况，体现片段该带的单电子情况。可以每隔一定步数产生一次molden文件，用Multiwfn计算片段的自旋布居进行检验 相关信息： 详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件 http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html） 谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算 http://sobereva.com/353（http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html） |
sobereva 发表于 2024-11-13 02:28 我的盒子是用packmol构建的，所以在跑MD的时候，前面一段时间的温度等参数都很不平衡，例如我设置的温度是室温，但运行的前几百帧温度会到好几百，那这段时间应该是无效的数据吧？我的理解是，是不是应该先跑到体系各个参数稳定后，到达自己设定的值，再看体系内会不会有化学反应的特征呢？ 此外还有第二个问题，就是我的反应物自旋多重度是2，但是反应过程中，可能会产生自旋多重度为3或者4的产物，而我输入文件里的初始自旋多重度是设置为2的，那AIMD过程中，这个自旋多重度CP2K会自动判断并更改吗？因为我担心整个AIMD过程中会把自旋多重度固定在2，导致不会产生产物 |
ljh123 发表于 2024-11-12 21:20 这种问题一般不分为平衡相和产生相。直接跑MD就完了。本来就是个反应过程中浓度/不同类型分子数目不断变化的过程 |
sobereva 发表于 2022-2-6 12:31 sob老师请问一下，如果我是想考察一下体系中的化学反应，那是应该在预平衡（平衡相）后，在产生相里考察和收集数据吗 |
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丁越老师 您好 谢谢您的指点！！！ |
wwp 发表于 2022-2-6 22:47 可以 |
丁越 发表于 2022-2-6 22:39 丁越老师 您好 好的老师，知道了。那我还想请问一下，如果没有做结构，MD也能正常跑起来，初始结构也没有跑散，体系最后也达到平衡了。这样是否也是可行的？ 谢谢老师指点！！！ |
wwp 发表于 2022-2-6 22:34 就是做结构优化，如果不优化导致分子受力很大，结构一开始就会跑飞 |
丁越 发表于 2022-2-6 22:26 丁越老师 您好， 您所说的DFT优化释放斥力，是否可以理解为初始结构保证各个分子之间相距不要太近（以免将结构跑散）即可？ 随后就通过MD进行模拟，体系达到平衡即可进行采样分析？ 谢谢老师指点！！！ |
wwp 发表于 2022-2-6 19:59 吸附分子的盒子可以由好多方式构建，如packmol搭建一个水盒子，然后将slab和水盒子对摞起来就行；也可以用ABCluster搭建，M$也可以搭建，再用build layer摞起来。 摞起来后整体仍然需要用DFT优化释放斥力，否则原子因为初速度过大而跑飞。 |
Eudaimonia 发表于 2022-2-6 22:12 好的 谢谢老师。“DFT大多只能在局部得到最优解”说得很有道理  |
wwp 发表于 2022-2-6 19:59 我基本没有怎么接触过MD，不太好说； 但是仅我对DFT的了解而言，一旦你的有机物存在多个官能团，DFT大多只能在局部得到最优解，具体以何种方式吸附在催化剂表面可能需要大量的初始构型测试，比较优化后的吸附能才能得到相对靠谱的最稳定结构；（但是带来的工作量会非常大） 期待其他老师的回答； |
Eudaimonia 发表于 2022-2-6 19:38 好的，我只是用着这个体系打个比方。我想表达的就是对于md计算而言，初始结构中水的位置并没有严格的要求吗？因为看到有的文献中，选取的初始结构都是通过DFT结构优化得到的最稳定的结构。 谢谢老师的指点！！！ |
wwp 发表于 2022-2-6 18:50 对DFT计算而言优化出的结果可能会有区别，但是对MD可能区别就比较小了，而且就你截图这么简单的一个体系你直接跑一下就好了啊，很快的； 一般问问题建议先自己尝试再说，不可能其他人帮你确定大多数参数； |
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