Gromacs进行模拟后提取RMSD数据出错

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发布时间: 2022-2-7 23:46

各位老师晚上好，最近我在利用Gromacs做DNA蛋白复合物方面的模拟，md模拟完成后提取RMSD数据时，出现了如图所示的错误，想了好久还是没找到出现这个错误的原因以及解决办法，特此请教一下，十分感谢老师们!

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sobereva 发表于 Post on 2022-2-8 23:40:57

用Google搜magic number error in xtc file就能找到答案。可能轨迹文件损坏了（如断电、硬盘故障等）

sobereva 发表于 Post on 2022-2-8 01:30:07

用VMD载入轨迹看能否成功，如果能，用自带的RMSD Trajectory Tool插件计算RMSD就完了

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