IGMH分析结果中pi-pi作用区域未展现，且isovalue明显偏小

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发布时间: 2022-2-8 20:21

本帖最后由 a9471163 于 2022-2-8 20:36 编辑各位老师，我使用gromacs做完动力学模拟后提取最后一帧进行IGMH分析，面型吸附剂是fragment1, 5个吸附质小分子是fragment2，以便展现吸附时的相互作用。原子数500 ...

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a9471163 发表于 Post on 2022-2-9 10:16:51

sobereva 发表于 2022-2-8 23:38
没什么必然不正常
我不知道你之后有没有优化，如果又没优化，再加上GFN-xTB的波函数质量本来就不高，再加 ...

明白了，谢谢老师，结构是动力学平衡结构，没有额外优化结构，我换orca计算单点能试试，提高波函数质量

sobereva 发表于 Post on 2022-2-8 23:38:24

没什么必然不正常
我不知道你之后有没有优化，如果又没优化，再加上GFN-xTB的波函数质量本来就不高，再加上pi-pi作用强度本来就小（从单位空间来说），需要很小的isovalue才能展现出感兴趣的相关作用并不意外

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