求助，NPT模拟完成后，体系盒子为什么并未发生改变？

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发布时间: 2022-2-10 21:32

请问，我在进行了20ns的NPT模拟后，为什么体系的盒子没有改变（体系中的分子聚集发生聚集）。相关的mdp文件见下。

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sxmn 发表于 Post on 2025-6-16 10:03:36

抛开想象发表于 2024-9-23 17:04
我的是分子聚集到四个角上去啦，不知道怎么搞的

你好请问你解决了吗

xinlanyh 发表于 Post on 2024-9-25 20:37:47

有没有可能是你初始密度给的不合理，太小了。另外，确定参数是npt没错吗？

抛开想象 发表于 Post on 2024-9-23 17:04:57

我的是分子聚集到四个角上去啦，不知道怎么搞的

抛开想象 发表于 Post on 2024-9-23 17:02:11

ONTHEWAY 发表于 2022-2-11 16:22
好的谢谢您

你好，我也遇到这样的情况，我把tau_p从原来的2.0改为1.0可以不？[img][/img]

sobereva 发表于 Post on 2024-4-19 05:30:16

hanmuhua 发表于 2024-4-18 21:36
您好，老师，我想请教一下，我想降低温度跑npt，降低温度跑完npt之后，盒子变小了，有什么办法可以让盒子 ...

半各项同性控压，XY方向可压缩系数设为0

hanmuhua 发表于 Post on 2024-4-18 21:36:50

sobereva 发表于 2022-2-11 15:13
按理说随着模拟进行盒子会逐渐缩小
画一个盒子尺寸随模拟时间的图，看看是否有缩小趋势。如果还在缩小，只 ...

您好，老师，我想请教一下，我想降低温度跑npt，降低温度跑完npt之后，盒子变小了，有什么办法可以让盒子在x、y方向上不变吗？

ONTHEWAY 发表于 Post on 2022-2-11 16:22:16

sobereva 发表于 2022-2-11 15:13
按理说随着模拟进行盒子会逐渐缩小
画一个盒子尺寸随模拟时间的图，看看是否有缩小趋势。如果还在缩小，只 ...

好的谢谢您

sobereva 发表于 Post on 2022-2-11 15:13:28

按理说随着模拟进行盒子会逐渐缩小
画一个盒子尺寸随模拟时间的图，看看是否有缩小趋势。如果还在缩小，只不过缩小得太慢，可以把tau_p设小，让盒子变化更快一些

ONTHEWAY 发表于 Post on 2022-2-11 14:43:07

sobereva 发表于 2022-2-11 04:50
所有原子在图里都显示出来了？空白地方是真空区？

老师，请问您知道大概是哪出问题了吗？有什么解决办法吗？谢谢您

ONTHEWAY 发表于 Post on 2022-2-11 09:57:51

sobereva 发表于 2022-2-11 04:50
所有原子在图里都显示出来了？空白地方是真空区？

是的，老师。其他地方都是真空区

sobereva 发表于 Post on 2022-2-11 04:50:51

所有原子在图里都显示出来了？空白地方是真空区？

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