PDB2PQR的使用问题

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发布时间: 2022-2-14 21:12

各位老师好，最近在做DNA与蛋白质的复合物模拟。力场选择Amber力场的OL15进行模拟。在pdb2gmx步骤中出现了图1的错误。说某个环没有完整。于是我采用PDB2PQR的在线服务器进行了修复，结果图2所示，里面 ...

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uenh1998 发表于 Post on 2022-2-15 09:37:23

sobereva 发表于 2022-2-15 07:03
先用VMD打开原始的pdb文件，仔细看那个HIS到底缺了什么原子，可以考虑WHAT IF或pdbfixer来补

谢谢老师，我试下

sobereva 发表于 Post on 2022-2-15 07:03:37

先用VMD打开原始的pdb文件，仔细看那个HIS到底缺了什么原子，可以考虑WHAT IF或pdbfixer来补

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