| PF6- 一共有15个角，分别是12个 90° F-P-F 和三个 180° F-P-F，其中三个180° F-P-F 一般忽略不应用力场。具体参考这篇文献：Borodin O, Smith G D, Jaffe R L. Ab initio quantum chemistry and molecular dynamics simulations studies of LiPF6/poly (ethylene oxide) interactions[J]. Journal of Computational Chemistry, 2001, 22(6): 641-654. |
Aristotler 发表于 2022-3-17 07:42 谢谢回复，在公社qq群里向卢老师请教了这个问题，最后得出的结论是，一开始高斯输入文件没有让PF6保持高度对称的oh点群，造成优化的离子结构稍微偏离了点180度键角，从而使得DRIH计算出来的键角参数有比较大的差异。 |
| 你这个就是 angle项没弄对导致的，因为F-P-F有180度和90度角的区分。修改一下angle项即可 |
Yaohui 发表于 2022-3-14 21:46 请详细说明吧，补充下信息。我利用sobtop构建后是可以用的，也是和你一样的方法 |
| 想请教一下,原来碰见和楼主一样的问题，后来单独用sobtop把PF6的参数重新构造了一下，然后就只是把原GMX中输入文件中PF6的itp文件换成了sobtop产生的，其他的还是用acpype产生的（体系多，没有一一改），这样混合使用是不能跑吗，我在做极小化的时候PF6离子都散了，不知道是什么问题，请指教。 |
本帖最后由 ggdh 于 2022-2-20 16:46 编辑 Entropy.S.I 发表于 2022-2-16 17:51 我决定直接投降, ztop可以更多的去开发大分子方向的功能, 并且还可以调用sobtop(肯定要强调来源的并要求合理引用...), 现在ztop调用的ambertools肯定没有sobtop robust |
sobereva 发表于 2022-2-17 08:36 明白了，期待正式发布 |
牧生 发表于 2022-2-16 21:45 如果让Sobtop全用GAFF参数的话，得到的拓扑文件内容和acpype一般情况是完全相同的 |
tjuptz 发表于 2022-2-16 20:55 看你在Sobtop里怎么选 一般建议选成优先用GAFF原子类型（因此GAFF的非键参数），对于GAFF没有的元素或原子类型判断失败的情况让Sobtop指认UFF力场的LJ参数 |
sobereva 发表于 2022-2-16 20:44 非常期待。我用acpype得到的CTAB和水杨酸钠的itp，并用resp电荷替换了原来的电荷，但要在很高浓度(500mmol以上)才能看到形成棒状胶束。我也不知道问题在哪。 对比了一下sobtop得到的CTAB的itp的参数，和acpype得到的有部分非常接近，也有一部分参数差距较大，期望sobtop得到的参数可以满足我的预期。 |
sobereva 发表于 2022-2-16 20:44 好的，期待老师的文章，到时候多引用 |
sobereva 发表于 2022-2-16 09:57 卢老师，sobtop中的非键参数如何获取的呢？ |
Aristotler 发表于 2022-2-16 20:40 目前暂且引用成诸如：Tian Lu, Sobtop Version 1.0, http://sobereva.com/soft/Sobtop (accessed on Jul-16, 2022) 目前这个只是测试版，还有些功能和特性打算近期加进去后再作为正式版发布，并且届时会给个完整的手册，并写个介绍帖子。并且也打算写个介绍paper发出去，等什么时候paper发表了就可以引用paper了。 |
sobereva 发表于 2022-2-16 09:57 总觉得科研界还是要多有卢老师这样的指导者，业界良心。对于我们这种完全靠自己、没有人带领的年轻老师或者学生来说，做计算真是艰难险阻，投路无门。但从我读硕士、到博士，再到现在做一名青椒，向卢老师请教了很多问题，也参加多次培训，受益匪浅。也希望大家多参与卢老师的培训班，同时也感谢卢老师提供的公社平台以及贡献的软件。还要请问卢老师使用该软件如何致谢或引用？ |
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