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idpp.py脚本生成过渡态文件报错

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发布时间: 2022-2-16 00:20

正文摘要:

在运行ponychen写的过渡态脚本idpp.py时候会报下面的错误,麻烦各位大佬给看看是什么问题

回复 Reply

wangchaolong 发表于 Post on 2023-6-3 10:52:51
请问楼主,你知道怎么让idpp.py这个脚本正常运行吗?我这里显示好像是需要安装python,如果需要安装的话该怎么安装在vasp上呢?
wangchaolong 发表于 Post on 2023-6-3 10:43:02
卡开发发 发表于 2022-2-16 10:53
你可以把两个结构也带上来,我看看根据实际情况有时间对这个idpp.py调整下。

老师你好,idpp.py这个脚本运行需要Python的程序,我怎么在vasp上安装python呢?安装哪个版本?我有点懵
xmuqyj 发表于 Post on 2023-4-23 21:34:43
您好,用您的脚本,出现loop到1000不收敛啊
Jalyn 发表于 Post on 2023-3-30 11:59:28
静哥哥 发表于 2022-6-11 17:30
好的,谢谢卡发老师,我在研究研究

请教楼主这个问题最后怎么解决的呢
zorow 发表于 Post on 2022-8-9 15:06:22
静哥哥 发表于 2022-6-11 11:12
开发老师,请问下,我按照您的提示输入后会出现以下问题,请问这怎么解决呢

我也遇到了这个问题,但是貌似非线性插点还是成功了
静哥哥 发表于 Post on 2022-6-11 17:30:09
卡开发发 发表于 2022-6-11 11:41
我这边用你的结构是能正常进行的,也许是python版本问题也可能是ase版本问题。你可以把主程序部分的try e ...

好的,谢谢卡发老师,我在研究研究
卡开发发 发表于 Post on 2022-6-11 11:41:08
静哥哥 发表于 2022-6-11 11:17
我是python3.6.5,这个有关系吗

我这边用你的结构是能正常进行的,也许是python版本问题也可能是ase版本问题。你可以把主程序部分的try except结构去除,只留下try下面的部分看看报什么样的错误。这个程序只是提供一种解决思路,并不打算做完善。
静哥哥 发表于 Post on 2022-6-11 11:17:39
卡开发发 发表于 2022-6-11 10:47
你试试看makeneb.py -i ISPOSCAR FSPOSCAR -n 5 --method idpp
-i后面的文件名要按照你实际的反应物和产 ...

我是python3.6.5,这个有关系吗
静哥哥 发表于 Post on 2022-6-11 11:12:27
本帖最后由 静哥哥 于 2022-6-11 11:16 编辑
卡开发发 发表于 2022-6-11 10:47
你试试看makeneb.py -i ISPOSCAR FSPOSCAR -n 5 --method idpp
-i后面的文件名要按照你实际的反应物和产 ...

开发老师,请问下,我按照您的提示输入后会出现以下问题,请问这怎么解决呢

微信截图_20220611111029.png (246.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

微信截图_20220611111029.png
卡开发发 发表于 Post on 2022-6-11 10:47:17
静哥哥 发表于 2022-6-11 10:24
卡发老师,我发现的确有问题,我的模型是wo3做了222扩胞,然后去掉一个O得到初始结构并进行了优化。让后 ...

你试试看makeneb.py -i ISPOSCAR FSPOSCAR -n 5 --method idpp
-i后面的文件名要按照你实际的反应物和产物的POSCAR文件名设置。
最好是加上-o的参数,会产生XDATCAR轨迹记录路径。之后用ase gui XDATCAR查看产生的结果,如果原子没有匹配再用其他程序进行调整。
静哥哥 发表于 Post on 2022-6-11 10:24:54
卡开发发 发表于 2022-6-10 20:54
可以把IS和FS传来看看。

卡发老师,我发现的确有问题,我的模型是wo3做了222扩胞,然后去掉一个O得到初始结构并进行了优化。让后将空位处的W原子手动移到临近八面体位置,并进行了结构优化,得到了末态POSCAR.

用dist,pl计算距离大概3.7,因此我插入了4个点,用nebavoid.pl 使最小距离大于0.8,然后进行cineb计算。cineb我一般都是分成低中高三步,逐步优化,但是我发现跑了一晚上才跑了32步。我是8375的配置,64核,平时一样的结构跑CINEB,也就十几个小时左右就跑完了。今天这个的确有问题,麻烦您帮忙看看。多谢了。


初态.png (101.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 41)

初态.png

末态.png (116.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

末态.png

微信截图_20220611102059.png (138.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

微信截图_20220611102059.png

微信截图_20220611102130.png (124.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

微信截图_20220611102130.png

微信截图_20220611102150.png (105.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

微信截图_20220611102150.png

FSPOSCAR

14.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

ISPOSCAR

14.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

INCAR_low

4.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

INCAR_middle

4.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

ISPOSCAR

14.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

静哥哥 发表于 Post on 2022-6-11 08:43:24
本帖最后由 静哥哥 于 2022-6-11 10:25 编辑
卡开发发 发表于 2022-6-10 20:54
可以把IS和FS传来看看。

卡发老师,请见下帖,我把poscar、incar等都上传了,麻烦您了
卡开发发 发表于 Post on 2022-6-10 20:54:07
静哥哥 发表于 2022-6-10 19:04
卡开发发老师,您好。我想找您请教两个问题
1、在算有阴离子空位时,钙钛矿结构里阳离子迁移到临近八面 ...

可以把IS和FS传来看看。
静哥哥 发表于 Post on 2022-6-10 19:04:35
卡开发发 发表于 2022-2-20 05:42
我单独把arc文件当中首尾两帧挑出来,然后用ase调用Atoms.wrap()将全部原子移动到晶格内,首尾两个结构完 ...

卡开发发老师,您好。我想找您请教两个问题
1、在算有阴离子空位时,钙钛矿结构里阳离子迁移到临近八面体间隙位,发现移动阳离子会导致周边阴离子位置变化较大,导致结构一直不收敛,前后结果检查了很多遍,没有问题,也尝试了用IOPT=1 3 7,都不收敛。而没有阴离子空位时阳离子迁移收敛很快。所以我考虑是不是插点有问题,因此想到使用idpp.py。但是研究了下发现不会用。
2、按照“使用ASE实现idpp方法插值NEB路径”一文中,比如我有初始和末态poscar,命令为IS 和FS。请问我需要产生插点,是这样用吗:python3 makeneb.py -i IS  FS -n 5 --method idpp --optimizer BFGS 。每次这样调用,就会弹出使用帮助窗口,程序无法执行。所以向您请教下,麻烦了。

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