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使用MCPB.py生成二茂铁中Fe的力场参数

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大村驴

发布时间: 2022-2-17 01:38

正文摘要:

本帖最后由大村驴于 2022-2-17 01:46 编辑这几天研究了一下二茂铁的力场构建，踩了一些坑，好在最后总算是做出来了。这里就把过程总结一下，当作后来人的教程。先在论坛里搜了一下，关于如何用MCPB.py构建金 ...

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chw985550192 发表于 Post on 2023-5-4 10:52:33

本帖最后由 chw985550192 于 2023-5-4 11:00 编辑

你好，你的这个例子是形成二茂铁的prmtop和inpcrd文件。如果我的体系中既有二茂铁，又有蛋白，那蛋白的prmtop和inpcrd文件可以用如FF14SB力场形成，那岂不是有两个prmtop文件和两个inpcrd文件，后边跑MD，要怎么操作呢，谢谢。

jiangyy 发表于 Post on 2022-6-16 15:41:24

你好，我在做酮戊二酸依赖的Fe家族的酶时，用MCPB生成的frcmod文件产生的键长键角的力常数都为0，是怎么回事呢？谢谢
BOND
M1-Y4 0.0 1.7140    Created by Seminario method using MCPB.py
M1-Y5 0.0 1.4436    Created by Seminario method using MCPB.py
M1-Y6 0.0 2.9193    Created by Seminario method using MCPB.py
Y1-M1 0.0 2.6213    Created by Seminario method using MCPB.py
Y2-M1 0.0 2.7930    Created by Seminario method using MCPB.py
Y3-M1 0.0 2.8003    Created by Seminario method using MCPB.py

大村驴 发表于 Post on 2022-2-17 13:09:17

sobereva 发表于 2022-2-17 12:52
用Sobtop产生过渡金属配合物的拓扑文件比MCPB.py方便得多得多
http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.h ...

谢谢老师提醒！我学习一下Sobtop

sobereva 发表于 Post on 2022-2-17 12:52:01

用Sobtop产生过渡金属配合物的拓扑文件比MCPB.py方便得多得多
http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html

心向暖阳 发表于 Post on 2022-2-17 09:31:43

想我当初折腾MPCB.py的时候，不记得花了多久才搞清楚怎么用
麻了麻了

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