谢谢sob老师的回复。

qq298650 发表于 2025-9-23 21:59
Sob老师您好，这个方法可以用来计算蛋白质和金属离子的配位键吗？
如果可以，但蛋白质过大，只计算金属离 ...

“计算蛋白质和金属离子的配位键”指代不明，不知道你要算什么
如果你只是想维持配位结构不变形，平衡键长、键角用量子化学优化出来的极小点结构对应的参数，力常数自己猜个不大不小的就直接能实现目的

Sob老师您好，这个方法可以用来计算蛋白质和金属离子的配位键吗？
如果可以，但蛋白质过大，只计算金属离子5埃范围内的蛋白质可以吗？

喵星大佬 发表于 2022-11-24 23:44
对于设计卤素的分子，需要用虚拟点描述卤键的情况，GAFF力场不涉及这样的操作，CGenFF有，是否考虑支持？

我不怎么喜欢CGenFF和CHARMM系的东西

或许目前尚没有文章提出在GAFF力场基础上考虑虚拟点描述卤键的做法，但原理上完全可以自行效仿CGenFF的做法去扩展，程序和力场方面本身不需要做什么变动。

对于设计卤素的分子，需要用虚拟点描述卤键的情况，GAFF力场不涉及这样的操作，CGenFF有，是否考虑支持？

牧生 发表于 2022-11-22 18:31
看第六楼

谢谢

yjb 发表于 2022-11-22 17:57
老师，sobtop也可以像Multiwfn那样在Windows下添加环境变量，让他在任何文件夹下都可以使用吗？

看第六楼

老师，sobtop也可以像Multiwfn那样在Windows下添加环境变量，让他在任何文件夹下都可以使用吗？

XiaoYan 发表于 2022-10-18 17:57
1.体系为带正电荷的LYS
高斯+antechamber连用计算得到frcmod文件，高斯关键词见截图。
2.根据高斯计 ...

没有叫sobtob的程序

sobtop里你选了什么都没完整体现

Gaussian使用犯了低级错误，理论方法和基组都没写，等于用的默认的HF/STO-3G，结果完全是垃圾

本来sobtop基于Hessian产生力常数的方法和antechamber也没直接可比性。sobtop用的什么在主页里都明确写明了。

sobereva 发表于 2022-10-18 16:11
说清楚体系、说清楚怎么“计算”的

1.体系为带正电荷的LYS
高斯+antechamber连用计算得到frcmod文件，高斯关键词见截图。
2.根据高斯计算得到的fchk文件，通过multiwfn产生chg文件，见下图。利用chg和fchk文件通过sobtob产生所有原子的键长、键角和力常数参数。其中力常数与antechamber产生的参数差异巨大。

XiaoYan 发表于 2022-10-18 09:43
Sob老师您好，我在使用Sobtop补充参数时发现用Sobtop计算出来的参数值与antechamber功能补充的参数值差异很 ...

说清楚体系、说清楚怎么“计算”的

Sob老师您好，我在使用Sobtop补充参数时发现用Sobtop计算出来的参数值与antechamber功能补充的参数值差异很大，请问这是什么原因导致的呢？第一张图红色方框内是Sobtop计算的结果，第二张图是antechamber和parmchk连用得到的数值。

naoki 发表于 2022-8-1 14:29
多谢您的指导，我正在根据您的帖子编译cp2k。还想请教一下您，这个COF晶体是个ABC错层形式，一个晶胞里有 ...

可以

sobereva 发表于 2022-8-1 02:24
可以
记得CP2K算COF的REPEAT电荷的时候只用一层，使得每个原子都能和上下的真空区接触。

多谢您的指导，我正在根据您的帖子编译cp2k。还想请教一下您，这个COF晶体是个ABC错层形式，一个晶胞里有三层COF（如下图所示），cif文件中每一层内的原子编号没有明显规律，但是整个晶胞的原子编号顺序是先第一层再第二层再第三层，这种情况下我是不是应该分别把每次层COF提出来加真空层算一遍REPEAT电荷，再按层顺序合并到完整晶胞的文件中呢，感谢~

naoki 发表于 2022-8-1 00:28
谢谢您的回复！我去试一下您说的方法。我是想让把COF放在溶剂盒子中，在盒子xy平面上跨周期，z轴方向的两 ...

可以
记得CP2K算COF的REPEAT电荷的时候只用一层，使得每个原子都能和上下的真空区接触。