将对接复合物生成gro文件后出现奇怪的样子

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发布时间: 2022-2-17 19:32

将对接复合物（DNA、蛋白质）生成gro文件，然后转成pdb一看，成了奇怪的样子

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sobereva 发表于 Post on 2022-2-18 16:34:13

Tummy 发表于 2022-2-18 11:05
但是sob老师，用vmd去看，还是显示dna是断裂的，是不是在生成坐标文件的时候就有错误

检查VMD里自动判断的键连关系（用比如licorice显示方式仔细看），如果键连关系和DNA实际情况不符，可能导致New Cartoon方式没法正常显示

也确保原子名符合IUPAC规范

Tummy 发表于 Post on 2022-2-18 11:05:52

sobereva 发表于 2022-2-18 07:57
用VMD看

但是sob老师，用vmd去看，还是显示dna是断裂的，是不是在生成坐标文件的时候就有错误

sobereva 发表于 Post on 2022-2-18 07:57:04

用VMD看

Tummy 发表于 Post on 2022-2-17 19:35:10

用的是amber99sb-ildn力场，用其他力场会报错

Tummy 发表于 Post on 2022-2-17 19:33:12

DNA骨架错位，蛋白破碎

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