VMD、VESTA等一大堆程序都可以，作图风格本身没有任何特殊性

这个不仅取决于图的样子，也取决于你手里的结构文件的格式。只有知道你的结构文件的格式，我们才能告诉你用什么软件可以尽量避免转格式。