各位老师好，我目前跑完RNA在水溶液中的模拟后想计算每个碱基之间的相互作用关系。我是利用gmx_mmpbsa计算的，按照ligand-protein的计算思路：设置索引文件，在索引文件中指定一个碱基为一组，剩下其他的碱基为一组 ...
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