求助：gmx_mmpbsa计算多肽-蛋白相互作用结果波动太大

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发布时间: 2022-2-23 15:51

在使用gmx_mmpbsa脚本计算蛋白-多肽结合自由能时，重复了两次模拟，分别计算了自由能，两次计算的结果天差地别，所以想求助一下一方通行们，我的计算路径是否靠谱，中间是不是哪里有问题 ...

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Tang_jh 发表于 Post on 2024-4-11 20:35:23

stomachacheee 发表于 2022-4-18 16:03
我也用的这个脚本，输出文件里的dG是啥项呀...我这一项好像多数时候是正的

就是最后的结合自由能啊我算的有正也有负

stomachacheee 发表于 Post on 2022-4-18 16:03:49

我也用的这个脚本，输出文件里的dG是啥项呀...我这一项好像多数时候是正的

panernie 发表于 Post on 2022-2-23 22:43:35

5ns很大可能体系还未达到平衡，倘若如此，后续分析均没有意义。建议延长至50ns或者100ns

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