Alpaca 发表于 2023-5-27 21:00
您好，请问你解决了嘛，我也是单个配体和蛋白质

您好，请问您解决了嘛，我也是

skypeside 发表于 2022-7-28 10:58
top文件是这样的，它也是显示我报错atomtypes出现顺序错误，尝试用前面方法解决，还是失败了，希望各位老师 ...

您好，请问你解决了嘛，我也是单个配体和蛋白质

top文件是这样的，它也是显示我报错atomtypes出现顺序错误，尝试用前面方法解决，还是失败了，希望各位老师指教一下

您好我想请教一下如果只是做单个配体和蛋白的话也会出现这种情况要如何处理呢？

Z.Zzzzzzz 发表于 2022-6-9 16:40
请问是如何解决的，能把最后解决了的方法和文件附上吗，谢谢

我是把所有的都合并了，之前还有问题是因为其它itp里有重复的

牧生 发表于 2022-6-9 17:41
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

感谢

Z.Zzzzzzz 发表于 2022-6-9 16:40
请问是如何解决的，能把最后解决了的方法和文件附上吗，谢谢

http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

Z.Zzzzzzz 发表于 2022-6-9 16:40
请问是如何解决的，能把最后解决了的方法和文件附上吗，谢谢

认真看2L的slide。没法说的更详细了。

494085639 发表于 2022-2-24 22:21
谢谢老师我解决了麻烦您了

请问是如何解决的，能把最后解决了的方法和文件附上吗，谢谢

sobereva 发表于 2022-2-24 21:18
把[ atomtypes ]合并到ffonbonded.itp的[ atomtypes ]里，如果还有问题，说明其它itp里还有这种字段

...

谢谢老师我解决了麻烦您了

494085639 发表于 2022-2-24 19:56
老师麻烦您，我更改以后依然会出现这个错误
Fatal error:
Syntax error - File FES1.itp, line 3

把[ atomtypes ]合并到ffonbonded.itp的[ atomtypes ]里，如果还有问题，说明其它itp里还有这种字段

始终记住grompp看到的是所有include之后都展开后的内容，ppt里明确说了

sobereva 发表于 2022-2-23 18:33
显然开头的[ atomtypes ]部分必须挪到引入forcefield.itp之后

最老生常谈的问题

老师麻烦您，我更改以后依然会出现这个错误
Fatal error:
Syntax error - File FES1.itp, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes


这是更改后的文件

; Include forcefield parameters
#include "./amber14sb.ff/forcefield.itp"

[ atomtypes ]
; name          mass       charge   ptype     sigma (nm)    epsilon (kJ/mol)
sh            0.000000    0.000000    A      3.563595E-01   1.046000E+00
f             0.000000    0.000000    A      3.118146E-01   2.552240E-01
hs            0.000000    0.000000    A      1.069078E-01   6.568880E-02

; Include chain topologies
#include "FAD.itp"
#include "FES1.itp"
#include "FES2.itp"
#include "MOS.itp"
#include "topol_Protein_chain_J.itp"
#include "topol_Protein_chain_K.itp"
#include "topol_Protein_chain_L.itp"

显然开头的[ atomtypes ]部分必须挪到引入forcefield.itp之后

最老生常谈的问题