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gromacs安装过程中gmx文件不存在

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发布时间: 2022-2-24 10:36

正文摘要:

使用的虚拟机安装gromacs,根据视频:GROMACS2018.4在CentOS 7.6下的安装过程演示(https://www.bilibili.com/video/av39749252/)安装,其中cmake和fftw都正常安装上了,但是安装gromacs过程中出现错误提示。 ...

回复 Reply

changchem 发表于 Post on 2023-9-21 16:50:41
sob老师,按照GROMACS2018.4在CentOS 7.6下的安装过程演示(https://www.bilibili.com/video/av39749252/)安装,其中cmake和fftw都正常安装上了,但是安装gromacs过程中出现如图错误提示,请问怎么处理

202309211647156222..png (95.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

202309211647156222..png
sobereva 发表于 Post on 2022-2-24 21:15:21
Caca-line 发表于 2022-2-24 18:26
目前gromacs安装的进度条已经走完了,在修改bashrc文件的时候,显示如图所示,依然能够弹出文本框

用vi编辑
Caca-line 发表于 Post on 2022-2-24 17:16:49
snljty 发表于 2022-2-24 16:53
sudo yum install gcc-c++ gcc-gfortran
cmake改成CC=gcc FC=gfortarn CXX=g++ cmake。注意别再看错有没 ...

我看了报错的问题觉得可能是我系统中没有C++编译器导致的,因为我也是刚开始自学这个,您这边第二行cmake。。。这些内容是要在哪里调整的?
根据第一行代码安装了gcc-c++的编译器,需要在重新安装cmake和fftw吗?
snljty 发表于 Post on 2022-2-24 16:53:54
Caca-line 发表于 2022-2-24 16:35
非常感谢您的提醒,经过调整之后有产生了新的错误,无法找到安转的cmake,应该如何处理呢?
错误代码如 ...

sudo yum install gcc-c++ gcc-gfortran
cmake改成CC=gcc FC=gfortarn CXX=g++ cmake。注意别再看错有没有空格了。
牧生 发表于 Post on 2022-2-24 16:45:17
1 安装cmake 3.x

GROMACS 2018需要系统里有cmake 3.x才能编译。CentOS 7.6自带的cmake版本太老,因此需要先装cmake 3.x。

首先运行以下命令,添加EPEL源
yum install epel-release

然后在终端里输入yum install cmake3即可下载和安装cmake包,遇到提示的时候都输入y。之后输入cmake3 /V命令,如果显示出了3.x的版本号就说明没问题了。

注1:如果用yum的时候出现乱七八糟的提示安装不了,把操作系统重启一下往往就好了。

这个操作绝对不会出任何问题
Caca-line 发表于 Post on 2022-2-24 16:43:47
sobereva 发表于 2022-2-24 11:42
看清楚博文里每一个空格
视力不好就直接复制
GROMACS的安装方法(含全程视频演示)

我想问下就是视频中在安装好cmake也没有出现cmake的文件之类的,我安装完了同样也是没有文件出现,所以我想问下这个cmake是安装到了那里?
Caca-line 发表于 Post on 2022-2-24 16:35:30
snljty 发表于 2022-2-24 14:15
两个点后面有个空格,卢老师都说了让你认真检查一下空格......

非常感谢您的提醒,经过调整之后有产生了新的错误,无法找到安转的cmake,应该如何处理呢?
错误代码如下:
-- The CXX compiler identification is unknown
CMake Error at CMakeLists.txt:41 (project):
  No CMAKE_CXX_COMPILER could be found.

  Tell CMake where to find the compiler by setting either the environment
  variable "CXX" or the CMake cache entry CMAKE_CXX_COMPILER to the full path
  to the compiler, or to the compiler name if it is in the PATH.


-- Configuring incomplete, errors occurred!
See also "/home/hc/sob/gromacs-2018.8/build/CMakeFiles/CMakeOutput.log".
See also "/home/hc/sob/gromacs-2018.8/build/CMakeFiles/CMakeError.log".
snljty 发表于 Post on 2022-2-24 14:15:56
Caca-line 发表于 2022-2-24 12:05
除了前两行获取root权限的,代码总共就3行,这个文件路径都是写的sob,但是提示却是/home/hc/sob,所以是 ...

两个点后面有个空格,卢老师都说了让你认真检查一下空格......
Caca-line 发表于 Post on 2022-2-24 12:05:36
sobereva 发表于 2022-2-24 11:42
看清楚博文里每一个空格
视力不好就直接复制
GROMACS的安装方法(含全程视频演示)

除了前两行获取root权限的,代码总共就3行,这个文件路径都是写的sob,但是提示却是/home/hc/sob,所以是不是sob的位置有问题
sobereva 发表于 Post on 2022-2-24 11:42:32
看清楚博文里每一个空格
视力不好就直接复制
GROMACS的安装方法(含全程视频演示)
http://sobereva.com/457http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html

搞清楚路径,别一会儿/sob一会儿/home/hc/sob

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