mcruijff 发表于 2022-3-20 10:34
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多帧的应该怎么办呢？每一帧也不会自动更新

sobereva 发表于 2022-3-2 16:39
自己写个VMD tcl脚本，循环碳和氧，二者距离小于某个值就用topo addbond加上键就完了，这样不会牵扯到O-O
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谢谢老师的建议和帖子！我仔细研究下。

自己写个VMD tcl脚本，循环碳和氧，二者距离小于某个值就用topo addbond加上键就完了，这样不会牵扯到O-O

Tcl迅速入门教程 http://bbs.keinsci.com/thread-157-1-1.html

谢谢老师的建议！我同时也参考了这篇文章。现在纠结于批量添加类似的键，并排除相近氧原子之间成键。
我的PDB文件是自己写代码生成的，里面有用的信息有resname, type的信息。
结构比较大，类似的成键问题很多，手动估计不太行

1 弄清楚原子编号
2 topo addbond 1 2  给1 2 原子之间添加键
3 topo delbond 1 2 删除 12 原子之间的键
另外
"如果两个原子间没有被判断为成键，但你希望让它们之间显示键，就选择Mouse - Add/Remove Bonds，然后点击这两个原子的正中心，它们就连上了。如果你点击两个已经成键的原子，它们之间的键就会被去掉。" from谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题l