求助cof建模问题

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wwl

发布时间: 2022-3-2 15:04

各位大佬，我想使用gromacs建立一个周期性的cof体系，为此我单独建立了一个菱形的单晶胞，然后通过gromacs本身周期性的展示，最终形成一种周期性cof体系。如下图所示：但是由于我将单晶胞当做是单独的分子建立的 ...

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wwl 发表于 Post on 2022-3-3 16:19:51

sobereva 发表于 2022-3-2 20:31
这种体系建模根本就不是GROMACS的事
恰当设置盒子，使得按照周期性平移复制之后盒子边界处的成键情况是合 ...

嗯嗯，多谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2022-3-2 20:31:03

这种体系建模根本就不是GROMACS的事
恰当设置盒子，使得按照周期性平移复制之后盒子边界处的成键情况是合理的。在VMD里可以直接根据盒子信息显示出相邻镜像

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