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求助cof建模问题

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wwl
发布时间: 2022-3-2 15:04

正文摘要:

各位大佬,我想使用gromacs建立一个周期性的cof体系,为此我单独建立了一个菱形的单晶胞,然后通过gromacs本身周期性的展示,最终形成一种周期性cof体系。如下图所示: 但是由于我将单晶胞当做是单独的分子建立的 ...

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wwl 发表于 Post on 2022-3-3 16:19:51
sobereva 发表于 2022-3-2 20:31
这种体系建模根本就不是GROMACS的事
恰当设置盒子,使得按照周期性平移复制之后盒子边界处的成键情况是合 ...

嗯嗯,多谢sob老师
sobereva 发表于 Post on 2022-3-2 20:31:03
这种体系建模根本就不是GROMACS的事
恰当设置盒子,使得按照周期性平移复制之后盒子边界处的成键情况是合理的。在VMD里可以直接根据盒子信息显示出相邻镜像

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