模拟后轨迹文件水箱子割裂问题请教

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发布时间: 2022-3-3 10:33

各位老师前辈大家上午好，学生用amber跑MD加热出现的水箱子情况，想请教一下出现下图的情况原因，如图：对照手册脚本中设置好像没有问题的呀。谢谢您的阅读和解答/抱拳。

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小李 发表于 Post on 2022-3-5 10:22:01

sobereva 发表于 2022-3-4 19:04
没关系
搞明白什么叫PBC

好的好的，谢谢您

sobereva 发表于 Post on 2022-3-4 19:04:26

小李发表于 2022-3-4 11:52
好的好的，谢谢您。学生下一步是密度平衡，里面用的是控压，但蛋白质分子稍微跑出去右端一点，不知道是否 ...

没关系
搞明白什么叫PBC

sobereva 发表于 Post on 2022-3-3 22:37:38

记得开启控压。温度上去之后成为液态水，空隙自然就弥补上了，并且一控压，密度就也合理了。

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