利用PLUMED-metadynamics做二维PMF的一些问题

查看数: 5333 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2022-3-3 21:38

由于第一次用PLUMED软件做一个关于离子跨膜的二维的PMF。通过学习网站的教程，还有一些问题没搞懂，想要请教各位。首先，我选取了两个变量：距离（范围在-0.5~0.5）和半径（0~1）；然后，关于参数meta的参数如 ...

回复 Reply

陈小宇 发表于 Post on 2022-8-21 20:36:37

我也出现了和您类似的问题，请问您最后怎么解决的

Yancherry 发表于 Post on 2022-3-12 11:11:09

函数与激情发表于 2022-3-4 20:33
延长模拟时间；选取大的sigma和height

请问是否只有充满偏置势得到的PMF能量曲线才会收敛

函数与激情 发表于 Post on 2022-3-4 20:33:53

Yancherry 发表于 2022-3-4 19:29
好的谢谢，
我想请问如何才能让CV在范围内充满偏置势呢

延长模拟时间；选取大的sigma和height

Yancherry 发表于 Post on 2022-3-4 19:29:14

函数与激情发表于 2022-3-4 09:21
GRID_MIN和MAX的范围可以给的宽松一点，在超过你给的wall范围外再适当延长一点，CV是用wall去限制，但是一 ...

好的谢谢，
我想请问如何才能让CV在范围内充满偏置势呢

函数与激情 发表于 Post on 2022-3-4 09:21:17

GRID_MIN和MAX的范围可以给的宽松一点，在超过你给的wall范围外再适当延长一点，CV是用wall去限制，但是一旦触碰到GRID的上下限就会立即出现你提到的错误。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register