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CP2K几何优化的监控/诊断小脚本-cp2kmonitor

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发布时间: 2022-3-4 16:06

正文摘要:

本帖最后由 冰释之川 于 2023-3-11 22:00 编辑 cp2kmonitor是monitor系列工具的第三弹,在此依旧感谢钟叔的tsmonitor中的高大上代码,魔改一下使之适用于CP2K几何优化输出文件 第一弹:tsmonitor   ...

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模拟小菜 发表于 Post on 2024-10-24 16:26:38
yaoyuan0711 发表于 2024-10-24 13:46
老师您好,cp2k2024.2的输出文件好像用不了

step        RE        dE   SCF cycle  time (min)      MF ...

我使用的也是cp2k2024.2也遇到了同样的问题,请问该如何解决
yaoyuan0711 发表于 Post on 2024-10-24 13:46:18
老师您好,cp2k2024.2的输出文件好像用不了

step        RE        dE   SCF cycle  time (min)      MF      RF      MD      RD
1        0.000     0.000                          

PROGRAM STARTED AT     2024-10-22 17:27:58.246
PROGRAM ENDED AT       2024-10-22 22:55:25.841
TOTAL RUNNING TIME:    5 hours 27 minutes 27 seconds

The number of warnings for this run is : 0
PESPES 发表于 Post on 2023-2-26 15:01:36
冰释之川 发表于 2023-2-26 13:32
RE代表相对于第一帧结构的能量, dE是后一帧相比前一帧能量的变化量,单位应该是kcal/mol。变化小不是很 ...

懂了,谢谢回复
冰释之川 发表于 Post on 2023-2-26 13:32:06
PESPES 发表于 2023-2-26 11:23
嗯嗯,再请教一个问题,RE代表啥呢,每步优化后的能量?我这个咋显示的这么小呢? dE是两步之间的能量差 ...

RE代表相对于第一帧结构的能量, dE是后一帧相比前一帧能量的变化量,单位应该是kcal/mol。变化小不是很正常的么,你经过了3轮优化,结构收敛了
PESPES 发表于 Post on 2023-2-26 11:23:58
冰释之川 发表于 2023-2-26 11:14
因为有些几何优化算法第一步会算多个scf来确定下一步优化方向

嗯嗯,再请教一个问题,RE代表啥呢,每步优化后的能量?我这个咋显示的这么小呢? dE是两步之间的能量差,MF,RF,MD,RD分别代表最大受力,平均受力,最大位移,平均位移?
冰释之川 发表于 Post on 2023-2-26 11:14:06
PESPES 发表于 2023-2-26 11:07
请问bbj,我优化了Cu晶胞,输出文件显示进行了五步,但是用cp2kmonitor小程序为啥只显示三步呢?

因为有些几何优化算法第一步会算多个scf来确定下一步优化方向
PESPES 发表于 Post on 2023-2-26 11:07:12
请问bbj,我优化了Cu晶胞,输出文件显示进行了五步,但是用cp2kmonitor小程序为啥只显示三步呢?

202302261106594805..png (559.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

202302261106594805..png
renzhogn424 发表于 Post on 2022-3-31 15:00:35
这个表的形式不错,我自己写了个简单命令画趋势图,不知道能不能结合起来,画多条线,像Gview那样
cat *.out|grep "ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy"|sed 's/ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy \[a.u.]:        //g' >data.txt
gnuplot -persist <<EOF
plot "data.txt" with linespoints
EOF
冰释之川 发表于 Post on 2022-3-6 18:34:41
2022/03/06: 更新至1.1版本,支持CP2K打印级别为LOW和MEDIUM级别的输出文件
冰释之川 发表于 Post on 2022-3-4 18:02:57
丁越 发表于 2022-3-4 17:15
冰冰老师也进军第一性原理了么

要做一些表面吸附类的计算,所以就搞了个监控脚本了
丁越 发表于 Post on 2022-3-4 17:15:46
冰冰老师也进军第一性原理了么

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