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关于使用mdp中deform参数进行聚合物盒子压缩的问题

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发布时间: 2022-3-4 21:35

正文摘要:

本帖最后由 光荣道彭于晏 于 2022-3-4 21:37 编辑 我尝试通过mdp中的deform参数模拟盒子在常温常压下的压缩/拉伸过程,但是对具体如何设置参数并不清楚。通过谷歌找到了有人在GROMACS论坛发的帖子,帖子里面应该 ...

回复 Reply

tangwenke 发表于 Post on 6 day ago
你好  我根据你的也是用deform做的拉伸能帮我看下  为什么我算的应力是负值吗  谢谢

202411172145149975..png (16.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202411172145149975..png
巴普洛夫的狗 发表于 Post on 2024-9-19 17:11:06
你好,请问我可以看一下您的mdp文件如何设置的么
webridging 发表于 Post on 2024-5-1 18:05:01
herbrex 发表于 2024-3-4 15:37
您好 请问如何分析这种方法的受力?您说的文章能分享一下吗?

比如这个DOI: 10.1021/acsapm.2c01681
有用第二强度理论的,上面的
有用冯米塞斯的,也就是第四强度理论的
还有用偏移应力的,刨除静水压,目前见过这几种算法。这个可能要看编辑喜欢哪款吧,投其所好?根据经验几百兆帕以上的东西,直接简单粗暴σzz=-Pzz也是有人用的,比如https://doi.org/10.3390/ nano12193379。这玩意就好比虎克说他的公式算弹簧拉力好,那你用就是了。只要说的自己信就行了
herbrex 发表于 Post on 2024-3-4 15:38:41
搬砖小青年 发表于 2023-10-18 20:13
大佬,你现在解决了吗?我也遇见了和您相同的问题,应力和应变数据输入什么命令出来呢

您好 请问您解决了吗?如何分析这种拉伸过程中体系的受力呢?
herbrex 发表于 Post on 2024-3-4 15:37:55
webridging 发表于 2023-12-2 17:24
有的文章是通过保存压强张量和盒子尺寸,再通过材料力学公式计算,这个要看具体文章用的是什么方法吧

您好 请问如何分析这种方法的受力?您说的文章能分享一下吗?
搬砖小青年 发表于 Post on 2023-12-16 12:15:05
webridging 发表于 2023-12-2 17:24
有的文章是通过保存压强张量和盒子尺寸,再通过材料力学公式计算,这个要看具体文章用的是什么方法吧

谢谢您,再请教您一下,导出的数据,在应变为0时,应力有很大的数值,处理数据时,应该将此处的值给减去。
webridging 发表于 Post on 2023-12-2 17:24:29
搬砖小青年 发表于 2023-10-18 20:13
大佬,你现在解决了吗?我也遇见了和您相同的问题,应力和应变数据输入什么命令出来呢

有的文章是通过保存压强张量和盒子尺寸,再通过材料力学公式计算,这个要看具体文章用的是什么方法吧
搬砖小青年 发表于 Post on 2023-10-18 20:13:01
chema 发表于 2022-7-12 20:56
老师您好,请问这个应力应变的数据可以在哪里读取呢,谢谢

是gmx energy 后选择Pres-XX吗?(假设和您 ...

大佬,你现在解决了吗?我也遇见了和您相同的问题,应力和应变数据输入什么命令出来呢
光荣道彭于晏 发表于 Post on 2022-7-19 19:31:43
chema 发表于 2022-7-12 20:56
老师您好,请问这个应力应变的数据可以在哪里读取呢,谢谢

是gmx energy 后选择Pres-XX吗?(假设和您 ...

pres应该是体系的压力
chema 发表于 Post on 2022-7-12 20:56:38
本帖最后由 chema 于 2022-7-12 21:03 编辑
光荣道彭于晏 发表于 2022-3-5 10:23
我改了一下参数,重新模拟了一下,应该是解决了这个问题。Pcoupl     = Berendsen
pcoupltype = anisotrop ...

老师您好,请问这个应力应变的数据可以在哪里读取呢,谢谢

是gmx energy 后选择Pres-XX吗?(假设和您一样在X方向进行单轴拉伸)

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