pymol或者VMD中如何实现在氨基酸残基上加修饰分子

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发布时间: 2022-3-7 17:10

各位老师好，我想通过pymol或者VMD来将蛋白质的一个氨基酸进行化学修饰从而获得可用于MD模拟的初始PDB结构（如图），请问如何可以实现呢？

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sobereva 发表于 Post on 2022-3-12 06:35:37

TruelyBe 发表于 2022-3-7 20:03
老师，您的意思是在gview软件中在蛋白上直接把小分子画上去,导出为PDB文件。然后把修饰后的氨基酸作为非标 ...

是

TruelyBe 发表于 Post on 2022-3-7 20:03:10

老师，您的意思是在gview软件中在蛋白上直接把小分子画上去,导出为PDB文件。然后把修饰后的氨基酸作为非标准氨基酸进行模拟吗？

sobereva 发表于 Post on 2022-3-7 18:29:06

用gview之类画结构的程序把那部分画到相应位置

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