环糊精与马来酸的配合物结构优化不收敛求助

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发布时间: 2022-3-10 11:29

小弟试图计算一个环糊精与马来酸的配合物结构，配合物初始结构通过Autodock Vina生成（环糊精与马来酸都是M06优化过的结构）配合物初始结构我使用HF/STO-3G进行初步优化，命令为 #p opt=cartesian hf/sto-3g ...

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一不小心 发表于 Post on 2022-3-15 17:08:13

哦哦，我的是第一个一直不能收敛，后三个可以收敛，然后程序越算越离谱了

fresco604 发表于 Post on 2022-3-14 16:56:46

一不小心发表于 2022-3-14 16:01
请问您的问题解决了吗？，我也遇到了这样的问题

没有我感觉是Autodock Vina的初始结果有很大问题，很难用DFT直接去优化

一不小心 发表于 Post on 2022-3-14 16:01:50

请问您的问题解决了吗？，我也遇到了这样的问题

fresco604 发表于 Post on 2022-3-11 09:26:38

wzkchem5 发表于 2022-3-10 15:50
这里可能存在的一个问题是你没加色散校正。如果一个体系只有靠色散作用才能稳定存在，但是你没考虑色散， ...

我也尝试加入过em=gd3bj的关键词，好像还是不收敛

wzkchem5 发表于 Post on 2022-3-10 15:50:29

fresco604 发表于 2022-3-10 04:40
xtb还没有用过，如果使用目前的办法，如何才可以收敛呢？Autodock Vina产生的初始结构应该也不至于那么差 ...

这里可能存在的一个问题是你没加色散校正。如果一个体系只有靠色散作用才能稳定存在，但是你没考虑色散，那必然的结果就是本来该紧密结合的分子满处飘，很难找到稳定构型。

zjxitcc 发表于 Post on 2022-3-10 13:54:33

fresco604 发表于 2022-3-10 12:39
之前我也用过DFT/6-31+G(d)直接算Autodock产生的结果，也是SCF不收敛，我感觉是不是HF加小基组更容易收敛 ...

成百上千个结构预优化：xTB/MOPAC
几个、几十个结构优化，想好一点：高斯DFT，B3LYP/6-31G(d,p) em=GD3BJ

fresco604 发表于 Post on 2022-3-10 12:39:39

zjxitcc 发表于 2022-3-10 11:44
不一定是“Autodock Vina产生的初始结构”差，也有可能是“hf/sto-3g scf=xqc”优化出了不合理的结构、进而 ...

之前我也用过DFT/6-31+G(d)直接算Autodock产生的结果，也是SCF不收敛，我感觉是不是HF加小基组更容易收敛就尝试了HF/STO-3G, 但是目前看起来也不收敛。

那老师有什么推荐的算法来优化Autodock的输出结果吗？

zjxitcc 发表于 Post on 2022-3-10 11:44:46

不一定是“Autodock Vina产生的初始结构”差，也有可能是“hf/sto-3g scf=xqc”优化出了不合理的结构、进而导致SCF不收敛。

fresco604 发表于 Post on 2022-3-10 11:40:06

RAL 发表于 2022-3-10 11:32
预优化还不如用xtb，既便宜又快，精度还甩HF/STO-3G一条街

xtb还没有用过，如果使用目前的办法，如何才可以收敛呢？Autodock Vina产生的初始结构应该也不至于那么差呀

比如通过使用不同的优化方法，如opt=GDIIS，还有减小步长maxstep=1 之类的，会不会有帮助？

请各位老师赐教

RAL 发表于 Post on 2022-3-10 11:32:30

本帖最后由 RAL 于 2022-3-10 11:44 编辑

预优化还不如用xtb，既便宜又快，精度还甩HF/STO-3G一条街。单纯针对优化不收敛的问题，这是因为优化到后面，每一步的位移太小了，高斯默认的gediis有时候会出现这种问题，可以换opt=gdiis

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