关于黄素对整体最小化后结构发生明显变化的原因求助

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发布时间: 2022-3-15 10:21

各位老师、前辈们好，学生对于一个黄素辅酶的蛋白质进行动力学模拟（用的amber软件），想求教在进行对整体最小化后结构发生明显变化的解决办法，感谢您的阅读和指导。详细情况如下：学生小分子参数生成用acpype线上 ...

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Jerryluo 发表于 Post on 2022-3-19 20:15:54

sylar 发表于 2022-3-15 11:10
以我的经验来说，磷氧不能加氢，让它带负电，否则就算最小化步骤正常热浴步也会崩溃https://jsylar.github. ...

小李 发表于 Post on 2022-3-17 16:43:35

sylar 发表于 2022-3-15 11:10
以我的经验来说，磷氧不能加氢，让它带负电，否则就算最小化步骤正常热浴步也会崩溃https://jsylar.github. ...

好的好的非常感谢您，祝您一切都好。（抱歉这两天没登录上查看消息，谢谢您）

sylar 发表于 Post on 2022-3-15 11:10:24

本帖最后由 sylar 于 2022-3-15 11:19 编辑

以我的经验来说，磷氧不能加氢，让它带负电，否则就算最小化步骤正常热浴步也会崩溃https://jsylar.github.io/#/Amber/Lig_contians_MD
这个问题我在笔记里记录过，你可以参考一下

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