1 是

3 如果你是指配体的位置限制，本来正式的模拟中就不该加

4 在VMD里用Hbonds显示氢键，恰当设置氢键判断阈值（默认的键角阈值太严），肉眼看看氢键形成情况。gmx hbond能判断出氢键而VMD判断不出来也是因为默认判据太严。