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gromacs中，运行pdb2gmx命令时报错，出现CG原子不匹配现象，该怎么解决？

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xking

发布时间: 2022-3-16 16:26

正文摘要:

运行的是这条命令gmx_mpi pdb2gmx -f MAPK14_MOL004891_dockout.pdb -ignh -o ma4891.gro 然后报错Residue 7 named ARG of a molecule in the input file was mapped to an entry in the topology database, but t ...

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xking 发表于 Post on 2022-3-19 16:30:48

Frozen-Penguin 发表于 2022-3-18 10:48
可以用其他软件补全然后再pdb2gmx，比如ambertools的tleap

好的，谢谢你，我去试试

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-3-18 10:48:12

可以用其他软件补全然后再pdb2gmx，比如ambertools的tleap

xking 发表于 Post on 2022-3-17 10:31:43

sob老师，他说我这里拓扑库里面的ARG存在CG原子，但是我PDB文件里有一个ARG残基只有三个C原子CA，C，CB，没用到CG这个怎么办(因为我的蛋白质pdb中间断了三个残基)

sobereva 发表于 Post on 2022-3-17 04:05:50

注意看pdb里残基序号是否是从1开始连续排下去的，如果不是的话，屏幕上提示的7号残基可能不是你pdb文件里序号为7的残基

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