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PF6-阴离子的itp文件

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发布时间: 2022-3-17 11:51

正文摘要:

好久没看论坛了,看到有人问题目相关问题,就回答一下 帖子: 求助关于GAFF力场构建PF6-拓扑文件的问题 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=27777&fromuid=19927 (出处: 计算化学公社) ...

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aipacino 发表于 Post on 2025-3-15 15:51:58
老师你好
我的阴离子拓扑文件是按用sobtop生成的,我看了一下和sob老师在这个贴子里给的示例也很相近,老师您说的“itp文件和力场文件没弄对,将多余的angle项删除”,请问是删力场文件里面的吗
我的主top文件里引用了这个力场:
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"  
我也没有在这里面(包括这个力场文件引用的)找到关于F-P-F的angle定义,不知是如何多余的,可以详细说一下吗
adong 发表于 Post on 2024-8-25 17:41:30

谢谢sob老师。
sobereva 发表于 Post on 2024-8-25 01:15:39
adong 发表于 2024-8-24 11:24
sob老师,像二草酸硼酸锂(LiBOB) 中的BOB阴离子用构建PF6阴离子的力常数全基于Hessian计算得到力场参数合 ...

合适
adong 发表于 Post on 2024-8-24 11:24:19
sobereva 发表于 2022-3-17 14:24
用Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)建这种体系拓扑文件轻轻松松,还不会出错,质量又高,照着网 ...

sob老师,像二草酸硼酸锂(LiBOB) 中的BOB阴离子用构建PF6阴离子的力常数全基于Hessian计算得到力场参数合适吗?
liuxdhs 发表于 Post on 2024-8-24 10:56:24
sobereva 发表于 2024-8-24 06:25
我忘了。反正b3lyp/def2tzvp肯定没问题。原则上基组改成带弥散的ma-def2-TZVP更好

感谢sob老师,我再尝试一下。
sobereva 发表于 Post on 2024-8-24 06:25:30
liuxdhs 发表于 2024-8-23 20:28
sob老师,您好。请问您这PF6-使用的是什么泛函与基组进行几何优化的呢?

我使用b3lyp/def2tzvp做完几 ...

我忘了。反正b3lyp/def2tzvp肯定没问题。原则上基组改成带弥散的ma-def2-TZVP更好
liuxdhs 发表于 Post on 2024-8-23 20:28:17
sobereva 发表于 2022-3-17 14:24
用Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)建这种体系拓扑文件轻轻松松,还不会出错,质量又高,照着网 ...

sob老师,您好。请问您这PF6-使用的是什么泛函与基组进行几何优化的呢?

我使用b3lyp/def2tzvp做完几何优化与振动分析,电荷与自旋多重度为-1和1。按照sobtop第一例生成itp文件,与您这PF6-的itp文件的参数存在一定的差异,主要表现在bond的k出现负值。同时拟合的RESP电荷也没有您这个好。

并且,此种无机阴离子使用什么泛函和基组比较合适呢?
antimony 发表于 Post on 2023-4-18 21:20:13
snljty2 发表于 2023-4-18 20:02
gro文件不记录键连方式,VMD载入后按照原子距离判断的成键。你可以改一下判断成键的阈值,用Dynamic Bond ...

感谢解惑
snljty2 发表于 Post on 2023-4-18 20:02:50
antimony 发表于 2023-4-18 19:38
想麻烦请问一下,我自己用sobtop建立的和这里放的PF6-.gro文件用vmd打开后都只显示原子不显示键,将其放 ...

gro文件不记录键连方式,VMD载入后按照原子距离判断的成键。你可以改一下判断成键的阈值,用Dynamic Bonds显示,或者鼠标点手动加键。可以参考卢老师博文《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
antimony 发表于 Post on 2023-4-18 19:38:46
sobereva 发表于 2022-3-17 14:24
用Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)建这种体系拓扑文件轻轻松松,还不会出错,质量又高,照着网 ...

想麻烦请问一下,我自己用sobtop建立的和这里放的PF6-.gro文件用vmd打开后都只显示原子不显示键,将其放入体系运行eq、prod之后也只能显示部分键或仍不显示键(见图)
C:\Users\Administrator\Desktop\PF6-gro.png
C:\Users\Administrator\Desktop\eqgro.png
我感觉是不是显示哪里设置的有问题,望请赐教C:\Users\Administrator\Desktop\eq.gro.png

eq.gro.png (239.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

eq.gro.png

PF6-.gro.png (87.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

PF6-.gro.png
sobereva 发表于 Post on 2022-3-17 14:24:04
用Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)建这种体系拓扑文件轻轻松松,还不会出错,质量又高,照着网站上的例子操作立马就构建出来了:

PF6-.itp (4.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 139)
PF6-.top (334 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 70)
PF6-.gro (428 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 73)

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