老师你好 我的阴离子拓扑文件是按用sobtop生成的,我看了一下和sob老师在这个贴子里给的示例也很相近,老师您说的“itp文件和力场文件没弄对,将多余的angle项删除”,请问是删力场文件里面的吗 我的主top文件里引用了这个力场: #include "oplsaa.ff/forcefield.itp" 我也没有在这里面(包括这个力场文件引用的)找到关于F-P-F的angle定义,不知是如何多余的,可以详细说一下吗 |
谢谢sob老师。 |
adong 发表于 2024-8-24 11:24 合适 |
sobereva 发表于 2022-3-17 14:24 sob老师,像二草酸硼酸锂(LiBOB) 中的BOB阴离子用构建PF6阴离子的力常数全基于Hessian计算得到力场参数合适吗? |
sobereva 发表于 2024-8-24 06:25 感谢sob老师,我再尝试一下。 |
liuxdhs 发表于 2024-8-23 20:28 我忘了。反正b3lyp/def2tzvp肯定没问题。原则上基组改成带弥散的ma-def2-TZVP更好 |
sobereva 发表于 2022-3-17 14:24 sob老师,您好。请问您这PF6-使用的是什么泛函与基组进行几何优化的呢? 我使用b3lyp/def2tzvp做完几何优化与振动分析,电荷与自旋多重度为-1和1。按照sobtop第一例生成itp文件,与您这PF6-的itp文件的参数存在一定的差异,主要表现在bond的k出现负值。同时拟合的RESP电荷也没有您这个好。 并且,此种无机阴离子使用什么泛函和基组比较合适呢? |
snljty2 发表于 2023-4-18 20:02 感谢解惑 |
antimony 发表于 2023-4-18 19:38 gro文件不记录键连方式,VMD载入后按照原子距离判断的成键。你可以改一下判断成键的阈值,用Dynamic Bonds显示,或者鼠标点手动加键。可以参考卢老师博文《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题》 |
sobereva 发表于 2022-3-17 14:24 想麻烦请问一下,我自己用sobtop建立的和这里放的PF6-.gro文件用vmd打开后都只显示原子不显示键,将其放入体系运行eq、prod之后也只能显示部分键或仍不显示键(见图) C:\Users\Administrator\Desktop\PF6-gro.png C:\Users\Administrator\Desktop\eqgro.png 我感觉是不是显示哪里设置的有问题,望请赐教C:\Users\Administrator\Desktop\eq.gro.png |
eq.gro.png (239.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)
PF6-.gro.png (87.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)
用Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)建这种体系拓扑文件轻轻松松,还不会出错,质量又高,照着网站上的例子操作立马就构建出来了:![]() ![]() ![]() |
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