牧生 发表于 2024-9-16 17:06
好了，我这下子知道你问题所在了。这个是有机小分子，应该按照http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex2进行操 ...

我就是被Sob老师批评的那位。十分感谢牧老师的解答。当时看过Sob老师的提醒，然而为了追求想象中的“精准”还是使用了上述的方法，也许最准确的还是直接使用GAFF参数。绕了一圈，发现还在起点。再次感谢您的耐心解答

好了，我这下子知道你问题所在了。这个是有机小分子，应该按照http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex2进行操作。。sobtop的教程中写的很清楚，要认真读例1和例2，特别要仔细读以下的文字

1. 注：绝对不要以为什么时候都得像本例这样提供含有Hessian的文件并让Sobtop计算力常数。如果你要对普通有机体系产生拓扑文件，应该效仿的是例2直接用GAFF的参数，那是最省事的。老有人只看了本例，居然连例2都不看就去胡搞。也记得把FAQ10和FAQ11看了，搞清楚什么时候才有必要基于Hessian算力常数。

复制代码

牧生 发表于 2024-9-15 08:51
用你的结构式，我跑了一下在水中的情况，VMD打开没发现任何异常。

十分感谢您能抽出宝贵时间验证一个对您来说低级的新手问题，请问您是如何构建小分子拓扑的呢？十分感谢您

用你的结构式，我跑了一下在水中的情况，VMD打开没发现任何异常。

AxiEJohn 发表于 2024-9-14 10:59
我的输入都是合理且可行的结构，从两个月前能模拟成功可以自证。可能是我表述不明确，在此表达歉意。我指 ...

能量最小后，出现不合理的成键，是因为你开始用于模拟的结构的参数就不合理。

两边都有氧原子没有关系，只要你确定那个位置不成键的，就可以把氢原子拖得稍微远一些，此时不合理没关系，用量化软件优化一下，就可以合理了。用优化后的结构去生成itp文件等，就是没问题的。

你所说的这个物质，我不知道是什么，你可以把结构式添加在附件中。

如果仍有错，请反复阅读本帖。

牧生 发表于 2024-9-14 09:41
调整方向，当然是不合理的。但是优化过程，就是填坑过程，就是让不合理变成合理。

原则上，你必须要给 ...

我的输入都是合理且可行的结构，从两个月前能模拟成功可以自证。可能是我表述不明确，在此表达歉意。我指的坑是在能量最小化时出现的不合理成键情况，这是莫名其妙的。结构优化后的xyz文件都是正常且准确的，为什么在能量最小化后会出现这种情况？我没理解错的话，您指的合理是几何构像能量最小为合理是吗。调整氢原子朝向后，优化几何构像后氢原子会朝向两边，一边就是在远离氧原子的方向，故而后续不会出现问题，而我这次情况特殊，两边都有氧原子，无法逃避。想知道为什么会这样？氢原子靠近氧原子会出现您提出过的错误。如果有机会，请您也尝试一下用同样方法处理Baicalein，看下能否成功。

AxiEJohn 发表于 2024-9-14 08:34
请问您知道为什么会这样吗?私以为调整朝向只是绕过坑，没有填平。若是路上只有坑，如何填平呢？希望您能 ...

调整方向，当然是不合理的。但是优化过程，就是填坑过程，就是让不合理变成合理。

原则上，你必须要给软件一个至少不离谱，没有明显错误的结构式，软件才能正确计算。

牧生 发表于 2022-3-19 14:31
经过验证，单独将CTAB放入盒子，使用自行发挥的参数，可以能量最小，以及NPT，是没有问题的。 ...

请问您知道为什么会这样吗?私以为调整朝向只是绕过坑，没有填平。若是路上只有坑，如何填平呢？希望您能指明。

NASAL的拓扑有毛病

sobereva 发表于 2022-3-19 12:39
尝试RESP电荷+全用GAFF。如果能行，检查基于Hessian算出来的那些力常数看是否有异常，也可以尝试用mSeminar ...

已经试过了RESP电荷+全用GAFF，走通这个流程，是没有问题的。自我认为，手动以量化计算的参数，应该会更准确一点，所以才想自行发挥。

一旦自行发挥，就一定卡在能量最小这里。试过双精度，试过低温，试过不加离子，还是一样的问题
对比全用GAFF得到itp，和基于Hessian算出来的itp里面那些参数（mSeminario和DRIH方法都试过），的确有一些小小区别，但由于CTAB和NASAL都是非常简单的常规小分子，我觉得这些小小区别不至于造成模拟失败。

尝试RESP电荷+全用GAFF。如果能行，检查基于Hessian算出来的那些力常数看是否有异常，也可以尝试用mSeminario
也尝试先用尽可能保守的mdp去跑（控在低温，小步长，不加任何约束，不用压浴等等）