benwei12138 发表于 2022-3-22 17:31
感谢老师，已经确定问题了，是index文件的问题

请问楼主你是怎么解决的，我也是分析能量和MD都是2020.6，也遇到了这个情况

溪临昭煌 发表于 2022-3-21 19:15
检查一下集群上的gromacs版本和你跑MD用的版本是否一致

感谢老师，已经确定问题了，是index文件的问题

benwei12138 发表于 2022-3-21 13:09
感谢sob老师，但是我使用了云服务器的gmx_MMPBSA总是会出现如下报错
[ERROR  ] MMPBSA_Error /home/aist ...

检查一下集群上的gromacs版本和你跑MD用的版本是否一致

sobereva 发表于 2022-3-21 06:56
最推荐用这个结合GROMACS做MMPBSA，最强大最可靠：https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/

感谢sob老师，但是我使用了云服务器的gmx_MMPBSA总是会出现如下报错
[ERROR  ] MMPBSA_Error /home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/bin.AVX2_256/gmx trjconv failed when querying md_0_6.xtc.
           Check the gmx_MMPBSA.log file to report the problem.
  File "/home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/bin/gmx_MMPBSA", line 8, in <module>
    sys.exit(gmxmmpbsa())
  File "/home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/app.py", line 101, in gmxmmpbsa
    app.make_prmtops()
  File "/home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/main.py", line 533, in make_prmtops
    self.FILES.mutant_receptor_prmtop, self.FILES.mutant_ligand_prmtop) = maketop.buildTopology()
  File "/home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/make_top.py", line 116, in buildTopology
    self.gmx2pdb()
  File "/home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/make_top.py", line 259, in gmx2pdb
    GMXMMPBSA_ERROR('%s failed when querying %s' % (' '.join(comprog), self.FILES.complex_trajs[0]))
  File "/home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/lib/python3.9/site-packages/GMXMMPBSA/exceptions.py", line 169, in __init__
    raise exc(msg + '\nCheck the gmx_MMPBSA.log file to report the problem.')
MMPBSA_Error: /home/aistudio/miniconda3/envs/gmxMMPBSA/bin.AVX2_256/gmx trjconv failed when querying md_0_6.xtc
Check the gmx_MMPBSA.log file to report the problem.
Exiting. All files have been retained.

最推荐用这个结合GROMACS做MMPBSA，最强大最可靠：https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/

benwei12138 发表于 2022-3-21 00:42
This executable compiled on Jan  8 2016 at 17:11:27

Parsing input file _pid~0ns.apbs...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

下次再看到删帖扣分处理

This executable compiled on Jan  8 2016 at 17:11:27

Parsing input file _pid~0ns.apbs...
read
Parsed input file.
Got paths for 3 molecules
Reading PQR-format atom data from _pid~0ns_com.pqr.
Vio_ctor2: some error occurred.
Vio_ctor: Vio_ctor2() failed.
Problem opening virtual socket _pid~0ns_pro.pqr!
Error reading molecules!

这是0ns.out中的输出，我认为可能报错的地方

以下为err文件和qrv文件

查看了.qrv文件，是正常的