五月雨 发表于 2022-3-22 10:18
多谢sob老师的指点。先前打算参加分子动力学与GROMACS培训班，但考虑到举办在六月份的北京，疫情问题加上 ...

这里说了
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html

sobereva 发表于 2022-3-22 08:53
1 用量化方法优化分子根本没必要，本来做MD的时候是靠力场描述的，单分子初始结构做不做优化都一样。如果直 ...

多谢sob老师的指点。先前打算参加分子动力学与GROMACS培训班，但考虑到举办在六月份的北京，疫情问题加上目前课题急需进展，想着能不能购买电子资料，这样现在就能去学习。不知道电子资料和实训有哪些区别。

1 用量化方法优化分子根本没必要，本来做MD的时候是靠力场描述的，单分子初始结构做不做优化都一样。如果直接做动力学由于不合理接触明显而崩溃，在力场级别下做能量极小化就完了。

2 Sobtop创建分子拓扑文件、在GROMACS里跑动力学，在VMD里观看和分析轨迹，基本够了。但一般还需要Gaussian或ORCA产生波函数文件，结合Multiwfn算RESP电荷。ORCA和Multiwfn都是免费的，对于算RESP电荷的目的也不用去学什么，直接就有懒人脚本一键自动调用它们计算RESP电荷
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）


对于温度不是特别低的情况，由于CO2质量小、和其它分子作用又不强，且当前动能又不小，CO2不可能出现聚集，这绝对不代表CO2和其它分子没有相互作用，只不过没有强到能克服当前温度的平均动能形成聚集体。

用GROMACS代替Forcite绝对是上佳选择。不要钱，速度还快得多得多，还灵活得多得多，而且对于CO2在文献里专门有特别适合的力场参数，放在GROMACS里用也很容易。