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求助：用CP2K计算热分解时生成很多游离的H和O

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LLYYTT

发布时间: 2022-3-22 13:37

正文摘要:

如题，在用cp2k跑了15ps的动力学之后，发现有很多游离的的O原子和H原子存在，基本上没有生成H2O和H2，请问大家有没有遇到过这种问题，是哪里设置错了吗？

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sobereva 发表于 Post on 2022-4-14 15:04:50

LLYYTT 发表于 2022-4-13 15:54
并且在能量最小化的输出文件里也显示WARNING in dbcsr_mm.F:294 :: Using a non-square number of MPI ra ...

这个提示不用管

LLYYTT 发表于 Post on 2022-4-13 15:54:36

sobereva 发表于 2022-4-12 01:31
先在低一些的温度，诸如1000K、1500K、2000K跑跑看是什么情况。输入文件倒是没显著问题
以后针对某人回 ...

并且在能量最小化的输出文件里也显示WARNING in dbcsr_mm.F:294 :: Using a non-square number of MPI ranks

LLYYTT 发表于 Post on 2022-4-13 15:52:06

sobereva 发表于 2022-4-12 01:31
先在低一些的温度，诸如1000K、1500K、2000K跑跑看是什么情况。输入文件倒是没显著问题
以后针对某人回 ...

好的老师，但是在out文件里发现了WARNING in qs_scf.F:576 :: SCF run NOT converged显示SCF不收敛

LLYYTT 发表于 Post on 2022-4-13 15:45:28

吞木木发表于 2022-4-12 22:04
总感觉看你的这张图，整个体系已经是不收敛的状态了，你确定至今你的out文件中都没有报错吗？
你用检查 ...

out文件里确实有一个WARNING，写的是WARNING in qs_scf.F:576 :: SCF run NOT converged

LLYYTT 发表于 Post on 2022-4-13 15:44:43

nusiew 发表于 2022-4-12 09:25
你这应该是跑完后的真实原子运动轨迹，没有经过周期性处理吧
在VMD中
pbc set {a b c alpha beta gama} ...

之前已经加过周期性试过了，还是这个样子

吞木木 发表于 Post on 2022-4-12 22:04:13

LLYYTT 发表于 2022-3-23 15:21
老师，我是用cp2k计算5-硝氨基四唑在3000K下的热分解机理，下边是输入文件。总共有24个分子，264个原子，跑 ...

总感觉看你的这张图，整个体系已经是不收敛的状态了，你确定至今你的out文件中都没有报错吗？
你用

grep WARNING ***.out

复制代码

检查一下你的输出文件，或许已经在某些步之后就开始报错了

nusiew 发表于 Post on 2022-4-12 09:25:22

LLYYTT 发表于 2022-3-23 15:21
老师，我是用cp2k计算5-硝氨基四唑在3000K下的热分解机理，下边是输入文件。总共有24个分子，264个原子，跑 ...

你这应该是跑完后的真实原子运动轨迹，没有经过周期性处理吧
在VMD中
pbc set {a b c alpha beta gama} -all
pbc wrap -all
就可以了
参考：https://www.cp2k.org/exercises:2021_uzh_acpc2:installation

sobereva 发表于 Post on 2022-4-12 01:31:41

LLYYTT 发表于 2022-3-23 15:21
老师，我是用cp2k计算5-硝氨基四唑在3000K下的热分解机理，下边是输入文件。总共有24个分子，264个原子，跑 ...

先在低一些的温度，诸如1000K、1500K、2000K跑跑看是什么情况。输入文件倒是没显著问题
以后针对某人回帖时记得点帖子下方的回复按钮，否则对方收不到通知。

sobereva 发表于 Post on 2022-3-23 14:40:23

把体系特征描述清楚，输入文件直接给出来
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

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