confidence 发表于 2024-3-30 14:50
我这里油球的直径是几纳米，主要是由我整个盒子的大小决定，而且在这个尺度下就已经能模拟出油滴的分离情 ...

但和实际的体系中油滴的大小尺寸数量级相差较大呀，这个尺度上的换算需要考虑吗？我现在模拟也遇到这个问题

doh88330 发表于 2024-3-29 19:44
您好楼主，想请教一个问题，我看您水包油乳液这部分，是用油球做为油滴放在水相中间了，但是一般水包油乳液 ...

我这里油球的直径是几纳米，主要是由我整个盒子的大小决定，而且在这个尺度下就已经能模拟出油滴的分离情况了。

您好楼主，想请教一个问题，我看您水包油乳液这部分，是用油球做为油滴放在水相中间了，但是一般水包油乳液中的油滴直径在微米级别，而这里的油球直径在纳米级别，请问这部分尺度换算应该怎么考虑呢？可以用这个模型来代表水包油乳液吗？

sobereva 发表于 2022-4-19 00:56
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里已经说了，主要检查是否有不合理接触等

嗯嗯，谢谢sob老师，我对着您的链接中所提出的方法自己检查对照了，但是还是未能找出究竟问题出在哪里。我把所用到的所有文件都上传了，能否麻烦老师您帮忙看看是哪里有问题呢？

confidence 发表于 2022-4-18 18:51
嗯嗯谢谢sob老师，字段顺序和对应关系应该是没有问题的，有仔细检查过。但是这个初始结构合理性我不知道 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里已经说了，主要检查是否有不合理接触等

sobereva 发表于 2022-4-15 19:33
检查拓扑文件和结构文件对应关系，检查top文件字段顺序，检查初始结构合理性等等

嗯嗯谢谢sob老师，字段顺序和对应关系应该是没有问题的，有仔细检查过。但是这个初始结构合理性我不知道怎么确认，老师您有什么标准么？

confidence 发表于 2022-4-15 16:22
谢谢sob老师的回答，这两天我把模型各部分拆开跑发现。乳液+水能跑npt，二氧化硅在真空条件下也能跑npt。 ...

检查拓扑文件和结构文件对应关系，检查top文件字段顺序，检查初始结构合理性等等

sobereva 发表于 2022-4-12 01:29
把http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8仔细看了
当前这模型很怪，水都朝着一个方向

谢谢sob老师的回答，这两天我把模型各部分拆开跑发现。乳液+水能跑npt，二氧化硅在真空条件下也能跑npt。但一旦二氧化硅+水/二氧化硅+树脂就跑不了npt了，请问老师这有可能是什么原因呢？

confidence 发表于 2022-3-23 16:13
感谢sob老师的回答，目前我这建模emol连5000都收敛不了，跑npt时会出现很多的LINCS提示，然后就停止跑了 ...

把http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8仔细看了
当前这模型很怪，水都朝着一个方向

sobereva 发表于 2022-3-23 14:44
MD能跑就行，没必要强求达到当前的最大受力收敛标准

感谢sob老师的回答，目前我这建模emol连5000都收敛不了，跑npt时会出现很多的LINCS提示，然后就停止跑了。看过您给的原因估计是建模不合理，但本人看不出究竟是哪里出的问题，能麻烦sob老师看一下可能是哪里有问题么

MD能跑就行，没必要强求达到当前的最大受力收敛标准