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求助:做非标准残基体系模拟时,在生成ion.tpr这一步报错

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wad
发布时间: 2022-3-22 17:19

正文摘要:

本帖最后由 wad 于 2022-3-22 17:19 编辑   首先我自己是做了一个含有非标准残基的系统,系统有82个残基,把其中的TYR羟基化修饰为DYR(Dopa),使用的是CHARMM36力场、TIP3P的水模型。 之前的修改rtp文 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-3-23 14:16:40
在[ bondedtypes ]等字段里把缺的参数补进去
Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-3-22 22:31:26
错误原因应该是top中有一些化学键缺少参数。
解决方法:生成一个包含DYR所有参数的itp文件,然后在top文件中合适的位置#include这个itp文件,或者把这个itp文件放到力场目录下,然后重新产生top文件。
jyli 发表于 Post on 2022-3-22 17:37:51
打开你的top文件找到对应行看看哪错了。

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