vlimit=10 限制一下速度试下？

错误原因是有原子速度超过了上限。
一般是由于模拟过程中两个原子撞在一起，多见于和PO4和SO4等，如果这些基团上有H，H和O带电量都比较大，吸引很强，容易撞在一起。排查的方法是改小输出轨迹的步长并进行模拟，查看产生的轨迹，最后几帧应该可以看到体系崩溃，找到有问题的原子。