计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › 关于ORCA5.0说明书中QM方法的pdb文件，与vesta，以及Wul ...

关于ORCA5.0说明书中QM方法的pdb文件，与vesta，以及Wultiwfn中导出的pdb文件不同

查看数: 3936 | 评论数: 4 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

明洋天

发布时间: 2022-3-25 09:10

正文摘要:

希望各位前辈能帮我解答一下。图1是通过vesta产生的pdb文件，图二是orca5.0说明书中的pdb文件。两者不同，是需要手动更改吗？

回复 Reply

明洋天 发表于 Post on 2022-3-28 15:48:27

sobereva 发表于 2022-3-28 10:01
手册里的pdb格式就是标准格式

PDB格式有统一定义，看http://www.wwpdb.org/documentation/file-format ...

好的，谢谢老师。我去再好好了解一下。

sobereva 发表于 Post on 2022-3-28 10:01:40

明洋天发表于 2022-3-27 14:30
老师不好意思，是Multiwfn。因为用orca5.0.2 版本的qmmm方法的时候，如果用pdb导入坐标坐标的话，就需要p ...

手册里的pdb格式就是标准格式

PDB格式有统一定义，看http://www.wwpdb.org/documentati ... /format33/v3.3.html
Multiwfn导出的pdb格式与之相符

明洋天 发表于 Post on 2022-3-27 14:30:42

sobereva 发表于 2022-3-26 14:06
没有叫Wultiwfn的东西

老师不好意思，是Multiwfn。因为用orca5.0.2 版本的qmmm方法的时候，如果用pdb导入坐标坐标的话，就需要pdb文件。但是我用了vesta. MS. 以及Multiwfn导出的pdb文件都和说明书上的不同。我照着说明书上的格式改了后他报错。
输出文件就是[file orca_tools/Tool-Scanner/qcscancoord.cpp, line 658]: Error (Scan PDB): Aborting the run

sobereva 发表于 Post on 2022-3-26 14:06:03

没有叫Wultiwfn的东西

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register